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| 1 | 初探低拷贝核基因在低等分类阶元系统发育重建中的适用性———以十字花科为例显示文摘分子系统学已被广泛用于解决物种之间的亲缘关系。迄今为止,被子植物分子系统学大都采用叶绿体和线粒体基因。但叶绿体和线粒体多数采用单亲遗传方式,不能完全记录物种的进化历史。而且叶绿体和线粒体基因相对保守,可用于系统发育重建的信息有限,很难用来解决科以下类群之间的亲缘关系。相反,核基因遵守双亲遗传方式并能提供大量信息位点,但却没有得到广泛运用。本文以十字花科为例,从17种十字花科植物中得到了5个编码蛋白的单拷贝核基因序列,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法重建它们之间的亲缘关系。结果表明,和目前常用的基因相比,这些基因能提供更多的信息位点,由此得到的系统发育树具有很高的支持,利用最大简约法得到的5个核基因的系统树中各分支均得到了100%的自展支持率。结果表明,我们选取的核基因可以用来进行科、属及种间的系统发育重建。因此,这5个基因可以用来解决被子植物其它科内的亲缘关系,而且也可以作为DNA条形码研究的有效分子标记。 | 丁铭 曾丽萍 马红 张宁 | 2012 | 植物分类与资源学报2012，34，3： | 8 |
| 2 | 五味子叶绿体基因组结构解析与比较分析显示文摘五味子是一种重要的药用植物.本研究通过Illumina HiSeq测序平台对五味子全基因组进行测序,完成了五味子叶绿体基因组的组装与结构解析,并与其他基部被子植物叶绿体基因组进行比较分析.五味子叶绿体基因组全长146730bp,GC含量为39.7%,由典型的4个区域组成,包括一个长单拷贝区、一个短单拷贝区和一对反向重复区(IR),其长度分别为95538、18270和16461 bp.共注释出113个基因,包括79个蛋白质编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因.有4个蛋白质编码基因、5个tRNA基因和4个rRNA基因位于IR区.在五味子叶绿体基因组中共检测出47个简单重复序列和40个长重复序列.与一般被子植物叶绿体基因组相比,五味子叶绿体基因组IR区长度大约收缩10kb.IR区发生收缩的部分GC含量为37.4%,远小于IR区平均GC含量(45.7%).利用20个物种的53个共有蛋白质编码序列对五味子在被子植物中的系统发育位置进行了分析,结果表明五味子属与八角属为姊妹分支.对五味子叶绿体基因组序列进行分析,为五味子科物种鉴定、遗传多样性以及系统发育研究提供了数据基础. | 郭豪杰 刘久石 罗丽 魏雪苹 张进 齐耀东 张本刚 刘海涛 肖培根 | 2017 | 中国科学:生命科学2017，47，7： | 5 |
| 3 | 线粒体基因在药用植物DNA分子鉴定中的应用显示文摘线粒体是植物细胞中重要细胞器之一,蕴含丰富的DNA信息,与叶绿体基因组、核基因组相结合,能客观地反映物种、居群甚至个体间的遗传特性。针对植物线粒体基因组的基本特征及其在中药DNA分子鉴定中的应用价值、研究现状与进展进行综述。 | 陆佳妮 赵志礼 倪梁红 嘎务 | 2016 | 中草药2016，47，10： | 5 |
| 4 | Phylogenomic Insights into Deep Phylogeny of Angiosperms Based on Broad Nuclear Gene Sampling显示文摘Angiosperms(flowering plants)are the most diverse and species-rich group of plants.The vast majority(99.95%)of angiosperms form a clade called Mesangiospermae,which is subdivided into five major groups:eudicots,monocots,magnoliids,Chloranthales,and Ceratophyllales.The relationships among these Mesangiospermae groups have been the subject of long debate.In this study,we assembled a phylogenomic dataset of 1594 genes from 151 angiosperm taxa,including representatives of all five lineages,to investigate the phylogeny of major angiosperm lineages under both coalescent-and concatenationbased methods.We dissected the phylogenetic signal and found that more than half of the genes lack phylogenetic information for the backbone of angiosperm phylogeny.We further removed the genes with weak phylogenetic signal and showed that eudicots,Ceratophyllales,and Chloranthales form a clade,with magnoliids and monocots being the next successive sister lineages.Similar frequencies of gene tree conflict are suggestive of incomplete lineage sorting along the backbone of the angiosperm phylogeny.Our analyses suggest that a fully bifurcating species tree may not be the best way to represent the early radiation of angiosperms.Meanwhile,we inferred that the crown-group angiosperms originated approximately between 255.1 and 222.2 million years ago,and Mesangiospermae diversified into the five extant groups in a short time span(27 million years)at the Early to Late Jurassic. | Lingxiao Yang Danyan Su Xin Chang Charles SPFoster Linhua Sun Chien-Hsun Huang Xiaofan Zhou Liping Zeng Hong Ma Bojian Zhong | 2020 | Plant Communications2020，1，2： | 2 |
| 5 | Evolution of the life cycle in land plants显示文摘性复制优核质的所有有一个生命周期由 haploid 和一个双阶段组成,由成熟分裂和配子配合(授精) 显著。每个阶段被使适应某些环境条件。在陆地植物,最近重建的发展史显示生命周期与主导的免费生活的双孢子体与主导的免费生活的 haploid 配偶体从一个条件演变到一个。后者条件允许植物由利用成熟分裂和授精的产生差异的力量生产更多的 genotypic 差异,并且是当更多的太阳能被修理并且喂进在地球上的 biosystem 和环境,有选择地赞成了 entropically 变得更异构。地钱为在陆地植物的生命周期理解双产生的起源占据一个重要位置。金鱼藻和 lycophytes 作为独立免费生活的产生从配偶体在变化代表批评的现存的过渡的组到孢子体。播种植物,与最精致的孢子体和大多数减少的配偶体(除了在许多裸子植物的 megagametophyte ) ,最好开发了能在优核质之中仅仅由哺乳动物被匹配的性繁殖系统:提高 outcrossing 的古老、稳定的性决心机制(heterospory ) ,一高度, bimodal 和精子和卵数字,一个男性驱动的变化系统,在变化选择和后代的营养的女专门化,和井的扭曲的分发开发了内部授精。陆地植物生命周期的进化的学习要求认为以一种综合方式的形态学,开发,遗传,发展史,生态学,和进化,和愿望加深我们植物进化的理解的一条多学科的途径。 | Yin-Long QIU Alexander B. TAYLOR Hilary A. McMANUS | 2012 | Journal of Systematics and Evolution2012，50，3： | 1 |
| 6 | Comparative analysis of plastomes in Oxalidaceae:Phylogenetic relationships and potential molecular markers显示文摘The wood sorrel family,Oxalidaceae,is mainly composed of annual or perennial herbs,a few shrubs,and trees distributed from temperate to tropical zones.Members of Oxalidaceae are of high medicinal,ornamental,and economic value.Despite the rich diversity and value of Oxalidaceae,few molecular markers or plastomes are available for phylogenetic analysis of the family.Here,we reported four new whole plastomes of Oxalidaceae and compared them with plastomes of three species in the family,as well as the plastome of Rourea microphylla in the closely related family Connaraceae.The eight plastomes ranged in length from 150,673 bp(Biophytum sensitivum)to 156,609 bp(R.microphylla).Genome annotations revealed a total of 129e131 genes,including 83e84 protein-coding genes,eight rRNA genes,37 tRNA genes,and two to three pseudogenes.Comparative analyses showed that the plastomes of these species have minor variations at the gene level.The smaller plastomes of herbs B.sensitivum and three Oxalis species are associated with variations in IR region sizes,intergenic region variation,and gene or intron loss.We identified sequences with high variation that may serve as molecular markers in taxonomic studies of Oxalidaceae.The phylogenetic trees of selected superrosid representatives based on 76 protein-coding genes corroborated the Oxalidaceae position in Oxalidales and supported it as a sister to Connaraceae.Our research also supported the monophyly of the COM(Celastrales,Oxalidales,and Malpighiales)clade. | Xiaoping Li Yamei Zhao Xiongde Tu Chengru Li Yating Zhu Hui Zhong Zhong-Jian Liu Shasha Wu Junwen Zhai | 2021 | Plant Diversity2021，43，4： | 0 |
| 7 | 基于5993个核基因的被子植物系统发育关系研究显示文摘系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要。长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因。该研究从已注释基因组或转录组中搜集88种被子植物(包含58目)的核基因集;通过对其进行同源基因聚类及去旁系同源基因,获得了5993个一对一的直系同源基因家族(即对于每个基因家族,每种植物最多一条序列,最少包含50个物种);使用截取各种不同数目基因集的DNA或氨基酸序列,采用串联法(concatenation)和溯祖法(coalescence),共构建了20棵进化树。比较这些进化树,虽然大部分结果支持APG IV中描述的被子植物主要支系之间的关系[(真双子叶植物,单子叶植物),木兰类植物],但真双子叶植物内部各目分支的演化关系与APG IV有一个很大的不同,即认为檀香目和石竹目是蔷薇类植物的姊妹群。基于这些进化树,估算了被子植物各目分支的分化时间,结果表明被子植物的起源时间为237.78百万年前(95%置信区间为202.6~278.08),与主流观点认为的225百万年至240百万年前一致。以上结果为构建进化树提供了一种可行性策略,这种方法允许使用基因数目更多而计算速度更快。 | 金鑫 程书 杨拓 余慷 段肖霞 倪雪梅 李世明 张耕耘 | 2020 | 广西植物2020，40，1： | 0 |
| 8 | 基于线粒体DNA序列分析金虎尾目在蔷薇亚纲中的地位显示文摘【目的】探讨金虎尾目在蔷薇亚纲中的植物学地位。【方法】以金虎尾目,豆类以及锦葵类植物12条线粒体基因作为研究对象,利用最大似然法、最大简约法、近邻法分别构建系统发生树,对金虎尾目的植物学地位进行分析。【结果】最大似然法结果表明12条线粒体基因中,有9条线粒体基因支持金虎尾目属于锦葵类,支持率为29%~79%;有3条线粒体基因支持金虎尾目属于豆类,支持率为17%~52%。最大简约法结果表明12条线粒体基因中,有8条线粒体基因支持金虎尾目属于锦葵类,支持率为36%~85%;而支持金虎尾目属于豆类的仅有2条基因,支持率为25%和66%;其余的2条基因支持金虎尾目既不属于锦葵类也不属于豆类,支持率为77%和99%。近邻法结果表明12条线粒体基因中,有8条线粒体基因支持金虎尾目属于锦葵类,支持率为14%~82%;而只有3条基因表明金虎尾目属于豆类,支持率为36%~66%;其余的1条基因表明金虎尾目属于豆类和锦葵类分支之外,支持率为44%。【结论】上述3种模型分析结果表明,大多数基因的分类支持金虎尾目归属于锦葵类分支,同时具有高支持率。这个结果可为金虎尾目不完全谱系分选提供一定的证据。 | 卿华 覃佳佳 靳燕 马政 姚慧鹏 | 2020 | 四川农业大学学报2020，38，6： | 0 |
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