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| 1 | Ortholog Alleles at Xa3/Xa26 Locus Confer Conserved Race-Specific Resistance against Xanthomonas oryzae in Rice显示文摘米饭疾病抵抗(R) 基因 Xa3/Xa26 (也被称为 Xa3 和 Xa26 ) 对 Xanthomonas oryzae pv。oryzae (Xoo ) 引起细菌的老家疾病,属于在染色体 11 聚类的一个多重基因家庭并且从 AA 染色体米饭栽培变种(Oryza sativa L.) 。这个家庭编码充满白氨酸的重复(LRR ) 受体 kinase 类型蛋白质。这里,我们出现 Xa3/Xa26, Xa3/Xa26-2,和 Xa3/Xa26-3 的 orthologs (等位基因) ,从野 Oryza 种类 O。officinalis (CC 染色体) 和 O。分别地, minuta (BBCC 染色体) 也是对 Xoo 的 R 基因。Xa3/Xa26-2 和 Xa3/Xa26-3 授与抵抗到检验的 18 Xoo 紧张中的 16 个。在二野 Oryza 种的 Xa3/Xa26 家庭的比较顺序分析证明 Xa3/Xa26-3 看起来从 O 的 CC 染色体发源。minuta。Xa3/Xa26, Xa3/Xa26-2,和 Xa3/Xa26-3 编码的预言的蛋白质分享 9199% 顺序身份和 9499% 顺序类似。在一样的基因背景,带 Xa3/Xa26, Xa3/Xa26-2,或 Xa3/Xa26-3 的一个单个拷贝的转基因的植物显示出一个类似的抵抗系列到一套 Xoo 紧张,尽管带 Xa3/Xa26-2 或 Xa3/Xa26-3 的植物比带 Xa3/Xa26 的植物显示出更低的抵抗层次。这些结果建议 Xa3/Xa26 地点早于 A 和 C 染色体的种形成,它以前是近似 7.5million 年。因此,这个地点的抵抗特性很长时间被保存了。 | Hong-Jing Li Xiang-Hua Li Jing-Hua Xiao Rod A.Wing Shi-Ping Wang | 2012 | Molecular Plant2012，5，1： | 7 |
| 2 | Dynamic Intra-Japonica Subspecies Variation and Resource Application显示文摘我们构造了 O 的一张物理地图。sativa ssp。装饰用的梨树 cv。ZH11 并且把它和它的随机的样品序列与 Nipponbare RefSeq 源于一样的亚种作比较。这比较证明二个装饰用的梨树染色体是高度 syntenic 但是揭示实质的差别以结构的变化,替换和 indels 的率,和 transposable 元素满足。例如,象 450kb 一样大的收缩 / 扩大和高是在场的在的重复序列仅仅在 ZH11 拷贝数字被检测。在用 9311 作为一个外集团定序的 indica 变化的 tri 排列区域,我们发现了那:(1 ) 替换内部亚种的比较联合是的二 japonicaindica 评价近,但是几乎比在装饰用的梨树米饭变化 ZH11 和 Nipponbare 之间的替换率高的大小;(2 ) 在 ZH11 和 Nipponbare 之间替换发现, 47.2% 发生在 ZH11 并且 52.6% 在 Nipponbare;(3 ) 在 ZH11 和 Nipponbare 之间 indels 发现,发生在 ZH11 的 indels 是 15.8 次在 Nipponbare 的那些。发生在 ZH11 的 indels, 75.67% 是插入和 24.33% 删除。发生在 Nipponbare 的 indels, 48.23% 是插入, 51.77% 是删除。ZH11 比较地图盖住四 Nipponbare 物理差距,在 Nipponbare 的检测集会错误定序,并且与一个大 ZH11 T-DNA 插入异种图书馆的 FST 是综合的。ZH11 用绳子拖的平底渡船克隆能在我们的网站被浏览,寻找,并且获得, http://gffzz57607b4181124f3ch09vuux6cfkvo6wo5.ffgz.tsg.suse.edu.cn | Haiyan Lin Peng Xia Rod A.Wing Qifa Zhang Meizhong Luo | 2012 | Molecular Plant2012，5，1： | 1 |
| 3 | Rice Gene Index:A comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice显示文摘Dear Editor,Asian rice(Oryza sativa)is the staple food for half the world and is a model crop that has been extensively studied.It contributes20%of calories to the human diet(Stein et al.,2018).With the increase in global population and rapid changes in climate,rice breeders need to develop new and sustainable cultivars with higher yields,healthier grains,and reduced environmental footprints(Wing et al.,2018).Since the first gold-standard reference genome of rice variety Nipponbare was published(International Rice Genome Sequencing Project,2005),an increasing number of rice accessions have been sequenced,assembled,and annotated with global efforts.Nowadays,a single reference genome is obviously insufficient to perform the genetic difference analysis for rice accessions.Therefore,the pan-genome has been proposed as a solution,which allows the discovery of more presence-absence variants compared with single-reference genome-based studies(Zhao et al.,2018).Over the past years,several databases,such as RAP-db(http://gffzz42f3187c2d744b7cs09vuux6cfkvo6wo5.ffgz.tsg.suse.edu.cn),RGAP(http://gffzz7417dcb7459d461ch09vuux6cfkvo6wo5.ffgz.tsg.suse.edu.cn),and Gramene(http://gffzz2909c6336f624169s09vuux6cfkvo6wo5.ffgz.tsg.suse.edu.cn),have long-term served rice genomic research by providing information based on one or a series of individual reference genomes.To integrate and utilize the genomic information of multiple accessions,we performed comparative analyses and established the user-friendly Rice Gene Index(RGI;http://gffzzb47103bb340f4e2cs09vuux6cfkvo6wo5.ffgz.tsg.suse.edu.cn)platform.RGI is the first gene-based pan-genome database for rice. | 于志超 陈永明 周勇 张雨露 李梦圆 欧阳亦聃 Dmytro Chebotarov Ramil Mauleon 赵虎 谢为博 Kenneth L.McNally Rod A.Wing 郭伟龙 张建伟 | 2023 | Molecular Plant2023，16，5： | 1 |
| 4 | 植物基因组作图显示文摘前言由精典遗传学利用分子生物学工具和生物统计学方法合成的一种新概念——基因组作图——是一种研究植物生物学的有效方法。基因组图谱来源于传统的遗传连锁分析,用最新技术帮助对负责简单或复杂表型的基因进行定位作图。植物因增代时间短、易于产生大量群体、及其人工杂交的可控制性使之非常适宜进行基因组作图。广泛收集植物在形态学、生理学及发育方面的变异体,为基因研究提供了丰富的资源。图谱克隆(map-based cloning) (即根据图谱位置克隆构成可识别表型的基因) | Andrew H.Paterson Rod A.Wing 孙雷心 | 1993 | 生物技术通报1993，9，10： | 0 |
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