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| 1 | 大豆BBX基因家族的鉴定及表达显示文摘【目的】对大豆(Glycine max)全基因组BBX(B-box)蛋白基因进行鉴定和生物信息学分析,探究其对非生物逆境胁迫的响应模式,为大豆BBX基因的应用提供参考。【方法】利用生物信息学方法鉴定大豆BBX基因家族成员,分析其保守结构域、系统进化树、基因复制关系、顺式作用元件、组织特异性表达和非生物逆境胁迫(干旱和100 mmol/L NaCl胁迫,均处理0,1,6,12 h)响应模式。【结果】大豆BBX基因家族(GmBBXs)有42个成员,分布在除2和16号染色体外的18条染色体上。保守结构域分析表明,GmBBXs在N端有一个或两个B-box结构域(B-box1和B-box2),B-box1较B-box2保守;部分成员在C端存在一个CCT结构域。系统发育分析表明,GmBBXs家族成员分为5个亚家族,分别为B1+B2+CCT(Ⅰ型和Ⅱ型)、B1+CCT(Ⅲ型)、B1+B2(Ⅳ型)和B1(Ⅴ型)类型,其成员数量分别为3,8,6,18和7。共线性分析发现,在GmBBXs基因的扩展中存在串联复制和片段复制事件,且片段复制事件比例较串联复制大。GmBBXs基因启动子上含有多种顺式作用元件,如光应答元件、逆境胁迫应答元件和激素响应元件等。GmBBXs基因表达分析结果显示,GmBBXs在大豆根、茎、叶、花、荚果和种子中的表达存在差异,不同GmBBXs响应干旱和盐胁迫的方式不同,获得的36个GmBBXs基因表达数据可分为6种表达模式。【结论】在大豆中共鉴定得到42个GmBBXs基因,分布于18条染色体上,其结构域较为保守;GmBBXs的表达具有组织特异性,参与干旱和盐胁迫响应。 | 殷丽丽 邢宝龙 陈晓亮 殷宇 | 2022 | 西北农林科技大学学报(自然科学版)2022，50，6： | 4 |
| 2 | 香蕉MaBBX基因家族的鉴定、进化及表达显示文摘B-box(BBX)蛋白是一类锌指结构转录因子,在植物光形态建成、开花调控和逆境胁迫响应等过程发挥着重要作用.为了解香蕉MaBBX转录因子的结构和表达特征,对MaBBX进行全基因组鉴定和进化分析,并研究MaBBX在低温胁迫下的表达模式.结果显示,MaBBX家族共有38个成员,包含5种类型(I-V),且与拟南芥、水稻分别存在19、40对共线性成员;MaBBX家族成员的基因结构差异较小,其中7个MaBBX成员包含2BBX+CCT(CONSTANS、CO-like和TOC1)结构,10个成员包含BBX+CCT结构,11个成员包含2BBX结构,10个成员包含1BBX结构,此外还有8个成员在C端包含能够结合COPI蛋白的缬氨酸-脯氨酸基序VP(valine-proline)基序;11个MaBBX家族成员可能与HY5存在蛋白互作,且MaBBX家族成员主要受到miR2673与miR9494的靶向调控.此外,在13、4和0℃低温处理下,分别有12、6和9个MaBBX成员上调表达.上述结果表明MaBBX可能参与香蕉的光形态建成以及低温胁迫响应过程.(图7表3参35) | 张梓浩 唐佳美 张春渝 赖瑞联 林玉玲 陈振光 王晶 赖钟雄 | 2022 | 应用与环境生物学报2022，28，3： | 2 |
| 3 | 玉米BBX基因家族鉴定及表达分析显示文摘BBX(B-box)是一类光温响应转录因子家族参与植物光形态建成及逆境响应。为揭示ZmBBX家族基因功能,采用生物信息学方法在玉米基因组水平对该基因家族进行鉴定,并对其基本理化性质、基因结构、系统进化关系、启动子顺式作用元件和基因表达谱进行分析。ZmBBX基因家族共有34个成员,划分为5个亚族,编码蛋白氨基酸介于142~498aa,预测大多数成员定位于细胞核内。ZmBBX基因启动子存在大量的光响应元件、胁迫响应元件、激素应答元件和生长发育相关的顺式作用元件。全生育期组织表达谱发现,ZmBBX7、ZmBBX27和ZmBBX28在玉米的全生育期均高表达,ZmBBX3、ZmBBX5、ZmBBX14、ZmBBX15、ZmBBX19和ZmBBX20在玉米叶片中表达量较高,ZmBBX6、ZmBBX11、ZmBBX18和ZmBBX32在玉米叶片和种子形成前期等时期表达量较高。同时,对实验室盐处理转录数据分析发现,ZmBBX1、ZmBBX3、ZmBBX9、ZmBBX12、ZmBBX13、ZmBBX21、ZmBBX25、ZmBBX29和ZmBBX339个基因在地上和地下都差异表达,其中除ZmBBX3在叶片和根中表达不同外,其余基因在叶片和根中基本都上调表达。基于全生育期转录组数据的共表达及GO和KEGG富集分析发现,ZmBBX1、ZmBBX4、ZmBBX10、ZmBBX16和ZmBBX32可能通过蛋白互作介导光依赖的MEbrown模块中萌发籽粒的代谢和生长发育调控。蛋白互作预测分析发现,ZmBBX不仅可以发生同源互作,而且可发生异源互作,并且得到共表达转录数据的支持。综上,ZmBBX基因全生育期组织表达和逆境表达分化明显,在盐等非生物逆境和光相关的生长发育调控中发挥重要作用。 | 赵长江 徐尚缘 都梦翔 宋巨奇 徐晶宇 杨克军 李佐同 | 2022 | 西北农业学报2022，31，6： | 1 |
| 4 | 甘薯基因组BBX转录因子基因鉴定与逆境胁迫表达分析显示文摘【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种'泰中6号'全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位、基因相似度分析、保守结构域、保守基序和抗逆表达模式。【结果】甘薯基因组中共鉴定到24个BBX转录因子基因,其中5对基因相似度高。BBX基因编码的蛋白具有1个或2个B-Box结构域,其中8个蛋白还包含CCT结构域,这些结构域在甘薯BBX蛋白中均较为保守,保守基序motif 2代表甘薯BBX蛋白的CCT结构域。转录组学数据结果表明,甘薯在蔓割病菌侵染后,有3个BBX基因发生差异性表达。甘薯块根在长达2周或6周的冷胁迫下,13个BBX基因表达量发生变化,其中多数为表达下调。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到24个BBX转录因子基因,在低温胁迫和蔓割病胁迫条件下分别有13和3个基因存在差异表达。 | 毕楚韵 黄小芳 黄伟群 刘江洪 胡韵卓 黄碧芳 林世强 陈选阳 | 2021 | 四川农业大学学报2021，39，2： | 1 |
| 5 | 大豆BBX32基因生物信息学分析及基因编辑靶点设计显示文摘BBX32基因是一种含锌指结构的转录因子,广泛的参与植物生长和发育过程,但在大豆中,BBX32基因的具体生物学功能还尚未被解析。为研究大豆BBX32基因在大豆中的分子机理和生物学功能,本研究通过同源比对分析发现,大豆中含有两个与拟南芥BBX32同源的基因,分别命名为GmBBX32a和GmBBX32b。同时,通过检索RNA-seq数据库,对GmBBX32a和GmBBX32b在大豆中不同组织的表达部位进行分析,结果发现GmBBX32a在花、叶和豆荚中具有较高的表达量,而GmBBX32b在豆荚和花中具有较高的表达量,说明GmBBX32a和GmBBX32b可能参与大豆的开花和籽粒大小形成。此外,利用CRISPR/Cas9技术,构建GmBBX32a和GmBBX32b基因的敲除载体,并转化到大豆毛根中进行靶点检测,最终获得了有编辑效率的基因编辑载体,为接下来获得稳定转基因材料提供有效编辑靶点信息。 | 李泰 杜浩 黎永力 程玉汉 南海洋 侯智红 程群 刘宝辉 | 2021 | 大豆科学2021，40，5： | 1 |
| 6 | 独行菜LaBBX基因低温表达响应与密码子偏性分析显示文摘BBX是调控植物非生物胁迫相关基因表达,响应植物逆境胁迫的重要锌指蛋白类转录因子。为探究BBX在独行菜(Lepidium apetalum)幼苗耐受低温生长中的表达响应及其密码子偏好性,本研究基于独行菜转录组数据,筛选独行菜BBX编码基因的cDNA序列,并从独行菜幼苗中克隆获得全长733 bp的基因编码区序列,命名为LaBBX。序列分析表明,LaBBX由242个氨基酸组成,包含2个B-box锌指蛋白结构域,蛋白分子量为61.66 kDa,等电点为5.09,无信号肽和跨膜区。独行菜幼苗受低温胁迫时,LaBBX基因显著上调表达,6 h上调表达至21倍,且24 h内均呈现高水平表达,说明该转录因子可能在独行菜幼苗受低温胁迫时起重要作用。偏好性分析结果显示,独行菜LaBBX基因的ENc、CAI值和GC含量分别为55.453、0.244和46.78%,其密码子使用偏性较弱,相对偏好使用AT,高频密码子有8个,CDS序列及RSCU聚类分析中与十字花科植物最相近;其偏好性的形成与突变和自然选择等诸多因素相关,酵母菌表达系统更适合作为LaBBX基因的异源表达受体,拟南芥是适宜LaBBX基因的遗传转化受体。本研究为了解独行菜LaBBX基因的异源表达及基因功能提供了重要参考。 | 周茜 陈芸 王玉州 王继莲 凯迪日耶·玉苏普 赵惠新 | 2021 | 核农学报2021，35，6： | 1 |
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