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| 1 | 基于不同颜色山楂花MYB家族的挖掘与比较分析显示文摘为了研究MYB转录因子家族对山楂花色的影响,明确MYB转录因子在花色芽变品种中的表达情况,采用MYB蛋白质理化性质分析、motif结构预测、基因进化树分析以及基因表达量分析等方法对转录组数据进行深度挖掘。结果表明,共筛选出73个MYB转录因子,其中35个1R-MYB成员、36个2R-MYB成员、2个3R-MYB成员。1R-MYB蛋白序列的长度在50~786个氨基酸之间,2R-MYB蛋白序列长度在88~979个氨基酸之间,且仅有3个MYB基因家族蛋白为稳定蛋白。以拟南芥2R-MYB蛋白为参考进行系统进化树分析,19个山楂2R-MYB蛋白被分入14个已有一定研究基础的亚组中;1R-MYB蛋白进行单独分析,被分为6个亚组。通过差异表达分析,发现8个可能调控山楂花色的MYB转录因子。本研究结果为进一步研究影响山楂花色的MYB转录因子提供了一定的参考数据。 | 李戌彦 杨忠义 纪薇 杨明霞 | 2021 | 核农学报2021，35，1： | 6 |
| 2 | 老鸦瓣芽茎发育相关MYB转录因子家族鉴定与分析显示文摘目的鉴定老鸦瓣Amana edulis MYB转录因子家族成员并分析其表达模式,以期发现老鸦瓣芽茎发育相关MYB基因。方法利用老鸦瓣转录组数据经Pfam和PlnTFDB数据库鉴定含有MYB保守结构域的MYB转录因子,通过构建系统进化树并根据拟南芥MYB分组信息为老鸦瓣R2R3-MYB基因划分亚组,进行2R-MYB结构域可视化分析和GO富集分析,挑选在芽茎中特异表达的MYB基因并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证表达。结果共鉴定出93个含有MYB保守结构域的MYB转录因子,其中53个R2R3-MYB分为15个亚组,GO注释为生物过程的子类别最多,在芽茎中特异表达的12个MYB基因中有11个基因在芽茎发育前期至中期的表达量显著下降,有4个基因在芽茎发育中期至后期的表达量显著上升。结论获得的53个R2R3-MYB转录因子为进一步研究老鸦瓣MYB转录因子家族影响芽茎发育过程的分子机制奠定了基础。 | 张军霞 郭巧生 朱再标 徐碧霞 | 2021 | 中草药2021，52，6： | 3 |
| 3 | 基于三色堇全长转录组的MYB基因家族鉴定显示文摘在全长转录组水平鉴定三色堇(Viola×wittrockiana Gams.)梦蝶品种MYB转录因子家族成员,对其序列特征、进化关系、蛋白质保守基序等生物信息学特征进行鉴定,为三色堇MYB基因功能研究提供参考。鉴定结果表明,三色堇含有121个MYB,包含61个1R-MYB、57个R2R3-MYB与3个3R-MYB类转录因子;保守基序预测得到20个motif,其中motif2分布频次最高(15.2%),motif20分布频次最低(0.3%);利用WebLogo分析鉴定出三色堇R2R3-MYB类转录因子保守结构域含有W型R2R3保守基序;通过三色堇与拟南芥的同源性与进化关系对三色堇基因功能进行预测,得到30个亚群,其中22个亚组能聚集到拟南芥亚群中,可推测这些VwMYB基因具有相似的功能。本研究结果可为三色堇MYB基因的功能挖掘提供理论基础。 | 谷佳 王童欣 饶英 潘庆龙 李霆格 赵莹 周扬 彭婷 王健 | 2022 | 江苏农业科学2022，50，22： | 2 |
| 4 | 基于转录组的糙苏MYB转录因子的挖掘及分析显示文摘本研究基于糙苏的转录组数据库,挖掘参与糙苏生长发育及次生代谢产物合成相关的MYB转录因子,对糙苏MYB转录因子的理化性质、氨基酸序列及保守基序、高级结构、系统进化树进行挖掘和生物信息学分析,并结合GO注释、蛋白质功能预测和表达模式进行深入分析。从糙苏转录组数据中共挖掘出61条具有完整MYB保守结构域的转录因子序列;系统进化分析结果显示,糙苏MYB转录因子可能参与糙苏黄酮类物质的生物合成,在生长发育过程及抗逆性胁迫中起作用;GO注释分析表明,糙苏MYB转录因子家族蛋白在生物学过程中主要参与糙苏的细胞过程和生物调节过程;PuMYB7、PuMYB10、PuMYB34、PuMYB40、PuMYB42、PuMYB43参与了植物萜类代谢生物途径;表达分析显示,PuMYB48、PuMYB51、PuMYB9、PuMYB17、PuMYB56可能参与糙苏根部木质素的生物合成和次生生长等过程。 | 熊勇 赵春艳 李晓艳 | 2022 | 浙江农业科学2022，63，8： | 1 |
| 5 | 马尾松R2R3-MYB基因特征及进化和表达分析显示文摘MYB类转录因子在植物生长发育、代谢、应答生物胁迫和非生物胁迫的响应等生物过程发挥重要作用。为探究马尾松R2R3-MYB基因结构及功能,该研究以转录组数据为研究区域,从中筛选获得了17个马尾松R2R3-MYB基因,利用生物信息学对基因进行理化性质、系统进化树等分析,同时利用荧光定量PCR技术分析基因的组织特异性以及在花发育时期和非生物胁迫下的表达模式。结果表明:(1)17个PmMYBs亚细胞定位于细胞核,均无跨膜结构,且均含有Motif1、Motif2保守基序。系统发育进化树将马尾松PmMYBs划分为9个亚家族,且与火炬松、白云杉等裸子针叶植物关系较近。(2)17个基因均属于组成型表达,但在不同组织的表达量不同;所有基因均参与了花发育和非生物胁迫,不同基因在花发育不同时期的表达存在差异,有7个基因可能参与了雌雄性状转变;大部分基因响应非生物胁迫上调表达,但响应胁迫的时间存在差异;少数基因在胁迫中下调表达,尤其是PmMYB11基因在所有胁迫中均明显下调表达。该研究较系统地分析了马尾松R2R3-MYB基因的结构特征、系统进化及其在花发育时期和非生物胁迫下的表达模式,为深入探究马尾松R2R3-MYB基因的功能及逆境响应机制提供了参考。 | 孙爽 胡颖 陆晶宇 杨章旗 陈虎 | 2022 | 广西植物2022，42，4： | 1 |
| 6 | 基于转录组数据的绢毛委陵菜MYB转录因子家族分析显示文摘利用生物信息学方法,从绢毛委陵菜转录组数据中筛选出63个MYB转录因子,分析了它们的转录因子家族序列特征、理化性质、保守结构域、亚细胞定位和进化关系。结果表明,筛选出的63个绢毛委陵菜转录因子,其中1R-MYB类22个、R2R3-MYB类37个、3R-MYB类3个、4R-MYB类1个。结构域分析表明其具有典型的W型R2R3保守基序;绢毛委陵菜的所有MYB基因都是亲水性不稳定蛋白;而亚细胞定位预测都位于细胞核内;系统进化分析将绢毛委陵菜R2R3-MYB类蛋白分为22个亚家族,其中参与调控重金属镉相关的拟南芥同源基因主要属于S20亚族。研究结果为深入探究绢毛委陵菜MYB基因在调控重金属镉过程中发挥的功能提供基础资料。 | 刘振 武俊刚 李响 夏威 秦建 刘庆鹏 王学刚 范卫芳 吴建慧 | 2024 | 分子植物育种2024，22，3： | 0 |
| 7 | 兰州百合鳞茎花青素合成相关MYB与bHLH转录因子的筛选分析显示文摘百合鳞茎在采后贮藏过程中,由于花青素的积累导致鳞茎变紫红色,进而影响其价值。该文基于兰州百合鳞茎转录组数据,利用生物信息学技术分析花青素相关转录因子,共分析了50个MYB转录因子与73个bHLH转录因子,包括序列的比对、理化性质分析、亚细胞定位、系统进化关系以及保守结构域预测。MYB分类结果显示,50个MYB转录因子中有2个属于1R-MYB类,44个属于R2R3-MYB类,3个属于3R-MYB类,1个属于4R-MYB类。50个MYB不稳定蛋白均为亲水性蛋白,亚细胞定位表明48个MYB定位于细胞核。73个bHLH均为不稳定蛋白,且72个都为亲水性,亚细胞定位显示58个bHLH定位于细胞核。通过与模式植物拟南芥MYB和bHLH转录因子构建进化树分析、保守结构域预测、基因表达量分析以及转录因子与结构基因的相关性分析,初步筛选出3个MYB基因和1个bHLH基因可促进兰州百合鳞茎花青素合成,为进一步深入研究兰州百合鳞茎花青素调控基因提供了理论支持。 | 范文广 李保豫 田辉 李欣 任海伟 曹莹莹 姜欣彤 柴佳靖 陈少青 | 2024 | 食品与发酵工业2024，50，2： | 0 |
| 8 | 基于转录组百合WRKY转录因子的挖掘与分析显示文摘WRKY是一类与植物生物胁迫反应相关的转录因子,是植物中特有的超基因家族。为了挖掘百合抗蚜虫胁迫相关的WRKY基因,本研究利用棉蚜胁迫的百合转录组数据,对WRKY进行筛选及保守结构域分析,对鉴定出的WRKY转录因子进行生物信息学分析。结果表明:百合中筛选的29个WRKY基因的蛋白为99~675个氨基酸,理论等电点的范围为5.06~11.19。在LhWRKY基因编码的所有蛋白中,其中LhWRKY5和LhWRKY26为稳定蛋白,其余LhWRKY属于不稳定蛋白。所有LhWRKY蛋白均定位于细胞核,属于亲水性蛋白。除LhWRKY2、LhWRKY3、LhWRKY5、LhWRKY20四个蛋白外,均具有丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。LhWRKY包含三类WRKY转录因子,部分蛋白发生变异。系统进化树发现,有3个WRKY基因与已知抗生物胁迫基因同源性较高,推测其参与百合抗蚜胁迫反应。研究结果可以通过筛选的WRKY基因,进行进一步的功能验证,为植物抗生物胁迫尤其是抗蚜育种提供分子基础。 | 周俐宏 石慧 李雪艳 王伟东 白一光 胡新颖 杨迎东 | 2023 | 分子植物育种2023，21，7： | 0 |
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