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| 1 | 马兜铃科药用植物叶绿体基因组比较分析显示文摘该研究对汉城细辛Asarum sieboldii f.seoulense的叶绿体基因组进行测序分析并与GenBank下载的马兜铃科植物叶绿体基因组结构特征进行比较,旨在明确汉城细辛叶绿体基因组特征及马兜铃科药用植物叶绿体基因组的差异性。采用高通量测序技术对汉城细辛叶绿体基因组进行测序、组装,利用REPuter等软件对11种马兜铃科药用植物叶绿体基因组的一般特征,重复序列、IR边界以及进化关系进行分析。研究结果表明汉城细辛基因组大小为167 293 bp, LSC(large single-copy)为89 840 bp, SSC(small single-copy)为21 415 bp, IR(inverted repeat)为28 019 bp, GC量为37.9%,注释到133个基因,其中包括89个蛋白编码基因,36个tRNA基因和8个rRNA基因。11种马兜铃科植物的叶绿体基因组长度为159 308~167 293 bp,基因数为130~134个。其中5种药用植物叶绿体基因组中均发现了P、F、R、C 4种类型的长重复序列和具有SSR序列位点,其中汉城细辛具有6种类型的SSR序列,系统发育树中汉城细辛和辽细辛聚为1支。研究将为马兜铃科药用植物的分类鉴定及系统发育等相关研究提供基础。 | 赵容 尹舒悦 姜诚淏 薛嘉宁 刘畅 蔡欣航 邢艳萍 康廷国 | 2022 | 中国中药杂志2022，47，11： | 9 |
| 2 | 密花香薷叶绿体基因组结构及系统进化分析显示文摘目的基于高通量测序获得药用资源植物密花香薷Elsholtzia densa叶绿体基因组序列,分析了叶绿体基因组结构及特征,为研究密花香薷资源分类及系统进化奠定了基础。方法以密花香薷叶片为材料,利用改良的CTAB法提取DNA;采用二代测序技术Illumina NovaSeq平台对叶绿体基因组进行测序;以广藿香叶绿体基因组为参考序列,进行序列组装和矫正,得到完整叶绿体基因组序列;利用生物信息学方法分析密花香薷叶绿体基因组特征并进行系统发育分析。结果获得密花香薷完整叶绿体基因组序列全长149095bp,GC含量37.92%,注释到130个基因,其中包括85个蛋白质编码基因,8个rRNA基因和37个tRNA基因;密花香薷叶绿体基因组中共检测到28个散在重复序列,串联重复序列共检测到191个,单核苷酸重复序列最多,共114个;系统发育结果表明,密花香薷和其他唇形科植物聚合在一起形成一个分支结构,紫苏属植物和香薷属植物亲缘关系较近。结论建立了适于香薷属植物叶绿体基因组测序及其特征分析的方法,丰富了唇形科植物遗传资源,为密花香薷分子标记开发及唇形科属种间系统发育分析研究提供了理论基础。 | 富贵 刘晶 李军乔 | 2022 | 中草药2022，53，6： | 7 |
| 3 | 黑喉石斛叶绿体基因组特征及比较分析显示文摘本研究结合Illumina高通量测序和Nanopore测序技术,对黑喉石斛(Dendrobiumochreatum)的叶绿体基因组(cpDNA)进行测序,组装得到其cpDNA全长序列并绘制结构图谱。黑喉石斛cpDNA全长154 935 bp,注释共得到125个基因,其中有unigenes 103种,包含73种蛋白编码基因,26种tRNA基因和4种rRNA基因。特征分析结果表明:黑喉石斛cpDNA中共存在58个SSR(simple sequence repeat)位点,大部分为单核苷酸重复和二核苷酸重复类型,碱基组成以A/T碱基类型为主;其偏好的密码子共32个,其中有30个以A/U碱基结尾。以黑喉石斛与其他13种石斛的cpDNA构建系统发育进化树,结果显示,鼓槌石斛(D. chrysotoxum)和梳唇石斛(D. strongylanthum)与黑喉石斛具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果也映证了此结论。以黑喉石斛为参照,与3种近缘石斛的cpDNA进行全序列长对比,结果显示,4种石斛的序列变异主要发生在单拷贝区,基因间隔区的变异明显高于基因编码区。 | 杜致辉 杨澜 张朝君 许红娟 陈之林 | 2021 | 热带作物学报2021，42，11： | 6 |
| 4 | 高山松叶绿体基因组密码子偏好性模式显示文摘为了解高山松叶绿体基因组密码子偏好的使用模式,探讨影响密码子偏好性形成的因素,利用CodonW和CUSP在线软件进行中性绘图分析、ENC-plot、PR2-plot分析和对应性分析。结果显示:高山松叶绿体基因组密码子的平均GC含量为39.84%,GC1、GC2的含量分别为48.81%和40.70%,高于GC3(30.52%),说明其叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾;有效密码子数ENC的平均值为48.77,表明其密码子的偏好性较弱;中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析表明,选择压力是影响高山松密码子偏好性的主要因素,其次受突变等多种因素的共同影响。进一步对应分析发现,第1轴占总体变异的21.18%,是主要的影响因素,与ENC和GC3无相关关系,但与CAI呈显著相关关系。结果表明:自然选择是影响高山松叶绿体基因组密码子偏好的主要影响因素,也会受到其他因素的影响;有15个密码子被确定为最优密码子,显示出强烈偏向于NNA和NNU密码子的高代表性。研究为今后开展高山松叶绿体基因工程、密码子优化、提高外源基因的表达水平及提高高山松种子的产量和品质提供基础信息。 | 李江飞 李亚麒 唐军荣 陈诗 陈林 蔡年辉 许玉兰 唐红燕 | 2023 | 生物学杂志2023，40，1： | 2 |
| 5 | 牛肉红朱橘与惠水金钱橘的花粉形态和育性差异显示文摘为贵州地方特色柑橘品种牛肉红朱橘及其亲本惠水金钱橘在孢粉学上的鉴别提供参考,利用扫描电镜观察花粉形态,采用醋酸洋红染色法观察花粉活力,采用离体培养观察花粉体外萌发情况,比较牛肉红朱橘与其亲本惠水金钱橘花粉形态和育性的差异。结果表明:牛肉红朱橘、惠水金钱橘的花器官发育均正常,为完全花;花粉形态差异不大,花粉粒小,圆球形,极面观为四裂圆形,赤道面观为长圆形,外壁为网状纹饰,网脊宽,网眼小,萌发沟4条;花粉染色率分别为93.95%和95.45%,无明显差异;离体花粉萌发率分别为71.25%和54.62%。 | 王小柯 罗怿 林乾 郑乾明 解璞 李文云 | 2022 | 农技服务2022，39，3： | 0 |
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