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| 1 | 三七香叶基香叶基焦磷酸合酶基因的克隆及表达分析显示文摘基于三七转录组测序结果,选择萜类代谢骨架上香叶基香叶基焦磷酸合酶基因(GGPPS),结合RACE技术,克隆得到全长1 203 bp的c DNA序列,最长开放阅读框为1 035 bp,命名为Pn GGPPS,Gene Bank登录号为KM486564,Pn GGPPS基因全长2 370 bp,包含1个内含子和2个外显子,该基因编码344个氨基酸,与蓖麻Ricinus communis、丹参Salvia miltiorrhiza等植物GGPPS的同源性达到73%以上,具有富天冬氨酸区等多个结构域,属于类异戊二烯合成酶超家族。实时荧光定量PCR结果显示,Pn GGPPS在一至三年生三七的根、茎、叶和三年生的花等不同器官组织中均有表达,但以三年生叶中具有显著水平的高表达量,暗示其既具有调节三七生长发育的基本功能,也与三七叶绿素和类胡萝卜素的合成、叶绿体的发育、阴生适应性,以及品质的形成有关。 | 闵丹丹 唐美琼 李刚 屈啸声 缪剑华 | 2015 | 中国中药杂志2015，40，11： | 9 |
| 2 | 地黄RgGGPPS2基因克隆、生物信息学分析及表达分析显示文摘目的为了研究地黄萜类化合物生物合成途径的功能基因,从地黄中克隆了一条新的地黄GGPPS基因(RgGGPPS2),进行生物信息学分析,原核表达、纯化以及基因表达模式分析。方法根据地黄转录组数据中RgGGPPS2基因的序列信息,设计特异性引物,克隆了RgGGPPS2基因的开放阅读框(ORF)序列,构建pET32a-RgGGPPS2原核表达载体,用IPTG在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达RgGGPPS2重组蛋白,荧光定量PCR检测RgGGPPS2基因的组织特异性表达。结果 RgGGPPS2基因的ORF为867 bp,编码289个氨基酸。生物信息学分析结果发现RgGGPPS2蛋白含有2个富含天冬氨酸的基序FARM(first aspartate-rich motif)和SARM(second aspartate-rich motif),RgGGPPS2与芝麻、长春花等双子叶植物中GGPPS蛋白的同源性较高。通过构建pET-32a-RgGGPPS2原核表达载体在大肠杆菌中成功表达RgGGPPS2重组蛋白,利用Ni2+亲和色谱得到了纯化的RgGGPPS2重组蛋白。荧光定量PCR结果显示RgGGPPS2基因在根中表达量最高,其次是叶,茎中最低。结论克隆了RgGGPPS2基因,获得了纯化的RgGGPPS2重组蛋白,为研究RgGGPPS2基因在地黄萜类化合物生物合成途径中的功能奠定了基础。 | 赵乐 马利刚 俎梦航 冯卫生 郑晓珂 朱畇昊 | 2017 | 中草药2017，48，11： | 9 |
| 3 | 香樟GGPPS基因的克隆及生物信息学分析显示文摘本研究目的是克隆香樟牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(geranyl-geranyl pyrophosphate synthetase,GGPPS)的c DNA序列,并进行生物信息学分析,为香樟萜类物质的生物合成及调控机制研究提供基础。根据香樟叶的转录组测序数据,设计特异性PCR引物,应用反转录RT-PCR方法,克隆获得香樟GGPPS基因,通过生物信息学对该基因蛋白的特征进行分析。结果显示,GGPPS基因包含全长1 152 bp的开放读码框(ORF),编码383个氨基酸,蛋白分子量为41.41 k D,等电点p I为5.84,是一个定位于叶绿体,不含跨膜结构域,不含信号肽的不稳定疏水蛋白。GGPPS氨基酸序列的主要二级结构为α-螺旋并含有一个类异戊二烯类化合物合酶的特征结构域。通过氨基酸序列的同源性分析发现,香樟的GGPPS氨基酸序列与苹果、陆地棉和紫苜蓿等植物的GGPPS氨基酸序列有较高的同源性。分子进化树分析结果表明,香樟树GGPPS蛋白与无油樟GGPPS蛋白的亲缘关系相对较近。本研究成功克隆、分析并表达了香樟GGPPS,为进一步研究香樟GGPPS基因的功能,萜类合成调控机制等奠定了分子基础。 | 曹先爽 王进 张瑶瑶 王煜炜 马晓江 宋丽 汤锋 岳永德 | 2018 | 基因组学与应用生物学2018，37，8： | 7 |
| 4 | 分子谱系地理学在药用植物基因水平的研究进展显示文摘分子谱系地理学在药用植物遗传多样性、中药道地性形成机制以及中药核心种质构建中的应用研究是目前我国中药研究的热点。近年来,我国学者在中药资源领域深入到与DNA差异相关联的功能基因筛选和基因组学,已对甘草、青蒿、丹参等多种药用植物功能基因开展了深入研究。基于分子谱系地理学的药用植物功能基因筛选及中药材基因组学研究将会是今后研究应用的主流。对近年来分子谱系地理学在中药分子鉴定和中药道地性形成机制,特别是药用植物功能基因筛选及基于此的基因组学方面研究进展进行综述。 | 李菁 向婷婷 许成 刘朝奇 张长城 袁丁 周志勇 | 2015 | 中草药2015，46，8： | 7 |
| 5 | 植物GGPPS基因研究进展显示文摘香叶基香叶基焦磷酸合酶(GGPPS)是植物萜类物质合成的一个重要调节靶点。目前已经在多种植物中开展了该基因的克隆和功能分析。对GGPPS基因及蛋白结构和生物学功能的最新研究进展进行了综述,为其在植物遗传育种方面的应用提供参考。 | 唐美琼 赵以民 胡营 李刚 | 2017 | 湖北农业科学2017，56，19： | 5 |
| 6 | 北葶苈子GGPS基因的克隆、序列分析与原核表达显示文摘目的:获得北葶苈子(Lepidium apetalum)中牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl pyrophosphate synthase,GGPS)的编码基因,进行生物信息学分析,在大肠杆菌中表达该蛋白。方法:根据北葶苈子转录组测序结果中的GGPS基因序列,设计特异性引物,通过PCR扩增得到北葶苈子GGPS的c DNA序列,进行TA克隆、测序及序列分析,构建原核表达载体并于大肠杆菌中表达北葶苈子GGPS蛋白。结果:得到北葶苈子GGPS c DNA全长1 146 bp,编码381个氨基酸;序列分析表明北葶苈子GGPS基因编码的氨基酸序列包含类异戊二烯合成酶结构域,氨基酸序列进化关系表明北葶苈子GGPS与拟南芥(Arabidopsis thaliana)和白芥(Sinapis alba)亲缘关系最近;成功构建了p ET-32a-La GGPS原核表达载体,并在大肠杆菌BL21菌株中成功诱导表达。结论:首次克隆得到北葶苈子GGPS基因,并在大肠杆菌中成功表达了北葶苈子GGPS蛋白,为纯化该蛋白并研究其结构和功能奠定了基础。 | 马利刚 赵乐 李英超 冯卫生 匡海学 郑晓珂 | 2015 | 世界科学技术-中医药现代化2015，17，3： | 5 |
| 7 | 菘蓝牦牛儿基牦牛儿基焦磷酸合成酶基因(IiGGPPS1)的克隆及其表达特性分析显示文摘本研究通过分析菘蓝转录组数据库得到一条牦牛儿基牦牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)的编码序列,利用RT-PCR扩增得到其全长,命名为Ii GGPPS1,利用生物信息学方法对该基因及其编码的蛋白进行分析,并对该基因的功能、表达特性进行了研究。研究结果表明:Ii GGPPS1的c DNA序列全长为1 086 bp,开放阅读框长1 080 bp,编码359个氨基酸。Ii GGPPS1蛋白与其它植物GGPPSs高度保守,蛋白N端含有叶绿体信号肽,二级结构主要由螺旋和无规则卷曲组成,同源建模结果显示Ii GGPPS1蛋白是个同源二聚体。组织特异表达分析表明该基因在叶片中的表达量最高,根中次之,茎中最低,且受虫害颜色浅的叶片中该基因表达量显著低于正常叶片中的表达量,推测该基因可能与二萜化合物叶绿素的合成相关。该结果将为进一步研究菘蓝牦牛儿基牦牛儿基焦磷酸合成酶基因(Ii GGPPS1)的功能及其表达调控奠定理论基础,也可为菘蓝的生长、发育调节与品质改良积累研究资料。 | 韩立敏 | 2015 | 基因组学与应用生物学2015，34，6： | 5 |
| 8 | 丹参miR408基因前体序列的克隆及表达分析显示文摘MiR408是植物中一类高度保守的miRNA,其靶基因编码含铜蛋白,miR408的表达受植物生长发育和环境条件的显著影响。拟南芥中miR408在HY5-SPL7基因网络中起着关键作用,而HY5-SPL7基因网络可介导拟南芥对光照和铜离子的协调应答,进一步表明miR408在植物对环境的响应中发挥了核心作用。本研究基于丹参基因组Survey数据库,从中搜索并克隆得到366 bp的含有稳定茎环结构的miR408前体序列及其上游723 bp片段的启动子区,Gen Bank登录号分别为KU360384和KU360385,并将miR408的前体序列命名为SmMIR408。生物信息学分析结果显示:Sm-MIR408上游启动子序列与模式植物拟南芥Ath-MIR408、水稻OsaMIR408启动子区具有许多相同的顺式作用元件,如G-box、CGTCA-motif、TGACG-motif、GTAC-motif等,而HSE、CATT-motif作用元件仅存在于丹参启动子区;miR408成熟序列在不同物种中具有很高的保守性;基于不同物种miR408前体序列构建的系统进化树显示,来源于单子叶植物的miR408前体序列聚为一支,来源于双子叶植物的miR408前体序列聚为另一支。实时定量PCR分析结果显示:Sm-MIR408在丹参的根、茎、叶、花中都有表达,其在花中的表达量最高,根中最低;Sm-MIR408的表达受茉莉酸甲酯和伤害的抑制,黑暗和持续光照也可抑制该基因的表达。Sm-MIR408基因的克隆与表达分析为今后研究丹参miR408的功能奠定了基础。 | 郭晓荣 杨新兵 王怀琴 明方琳 佘旭 曹晓燕 | 2016 | 植物科学学报2016，34，3： | 4 |
| 9 | 能源橡胶草GGPPS基因启动子的克隆及瞬时表达研究显示文摘以多年生宿根型草本植物橡胶草为材料,根据已获得的橡胶草牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶(geranylgeranyl pyrophosphate synthase,GGPPS)基因序列设计引物,采用TAIL-PCR扩增到GGPPS基因5′上游大小为1131bp的序列。采用PlantCare和PLACE软件分析,表明该序列不仅具有启动子的基本元件,同时还有与多个器官特异表达元件以及与胁迫相关的顺式作用元件,命名为pTkGGPPS(GenBank:KT901796)。将该序列代替pCAMBIA1304质粒上的CaMV 35S启动子序列,以GFP基因作为报告基因,构建pCAMBIA1304-pTkGGPPS-GFP植物表达载体,利用农杆菌介导法转化洋葱表皮细胞,结果表明,该启动子能够驱动GFP基因表达,具有一定的活性。TkGGPPS基因启动子克隆及瞬时表达为橡胶草中橡胶合成及组织特异性研究奠定了基础。 | 李永梅 冯玉杰 曹新文 赵李靖 祝建波 闫洁 | 2016 | 草业学报2016，25，12： | 4 |
| 10 | 能源植物橡胶草TkGGPPS基因的克隆及表达分析显示文摘牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶(geranylgeranyl pyrophosphate synthase,GGPPS)是植物细胞萜类物质合成的重要调节靶点。利用RT-PCR和RACE技术首次从橡胶草(Taraxacum kok-saghyz)中克隆得到一个GGPPS基因,命名为TkGGPPS(GenBank:KT028713),TkGGPPS cDNA全长1 140 bp,编码379个氨基酸。序列分析表明,TkGGPPS基因属于类异戊二烯超家族成员,其功能可能与萜类物质的合成有关。氨基酸序列同源性比对与系统进化分析表明,TkGGPPS与向日葵Ha GGPPS的亲缘关系较近,相似性为74.67%。实时定量PCR的结果表明,TkGGPPS基因在第6周橡胶草的主根和成熟的种子中显著表达。上述结果为进一步研究橡胶草产胶代谢途径和产胶合成相关基因功能提供一定的理论指导和技术支持。 | 李永梅 冯玉杰 李锦 赵李婧 闫洁 | 2016 | 植物生理学报2016，52，3： | 2 |
| 11 | 榛子产紫杉醇内生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因的克隆与表达显示文摘牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶是产紫杉醇内生真菌紫杉醇合成下游途径中的关键步骤之一,在榛子产紫杉醇内生真菌中进行紫杉醇生物合成研究时首先要确认GGPP合酶的存在。该研究通过RT-PCR方法克隆得到了榛子产紫杉醇内生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因Pa GGPPS(Gen Bank登录号为KM881430)的c DNA开放阅读框(Open reading frame,ORF)。利用生物信息学方法,我们分析了该基因的序列,并对其编码的氨基酸序列进行了预测。结果发现该基因ORF长度为1 113 bp,预计蛋白分子量为40.98k D,等电点为6.168,表明该蛋白呈酸性。对其进行亲疏水性分析发现肽链整体呈现为亲水性。Pa GGPPS的主要二级结构元件为α-螺旋,并且包含一个异戊二烯类化合物合酶功能域。对榛子产紫杉醇内生真菌与其他物种的GGPPS进行氨基酸同源性分析,发现其与娄地青霉、曲霉菌和费氏新萨托菌的一致性较高,分别为94%、76%和76%。进化树分析表明来自动物、真菌和酵母的GGPPS聚为一类,来自植物的GGPPS聚为一类,其中榛子产紫杉醇内生真菌的GGPPS和青霉菌的进化关系最近,与植物的GGPPS的进化关系最远。对其进行基础生物信息学分析后,我们构建了原核表达载体,成功诱导其表达并得到可溶性蛋白。该研究结果为下一步深入研究GGPPS基因在内生真菌Penicillium aurantiogriseum紫杉醇合成途径中的作用及和构建高产紫杉醇基因工程菌株奠定了一定的基础。 | 刘洪伟 杨艳芳 李艳艳 王帅 邱德有 | 2016 | 广西植物2016，36，4： | 1 |
| 12 | 三七GGPPS基因CDS序列克隆及原核表达显示文摘目的为研究GGPPS基因在三七中的功能,从三七中克隆GGPPS基因CDS序列,并进行原核表达。方法以3年生三七叶组织为材料,依据Genbank中已报道的GGPPS基因序列设计引物,利用RT-PCR技术,克隆得到编码区序列;克隆片段连接到p ET-30α(+)表达载体,转入大肠杆菌BL21后,在异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导下进行表达。结果三七GGPPS基因CDS序列全长1 032 bp,编码343个氨基酸。SDS-PAGE结果表明,所构建的原核表达载体表达的融合蛋白大小在29 000~44 000,且表达产物主要以不溶性包涵体形式存在。结论成功克隆了三七GGPPS基因CDS序列,建立了稳定的原核表达体系,为进一步研究其在三七中的生物学功能奠定了基础。 | 唐美琼 闵丹丹 赵以民 胡营 李刚 | 2018 | 中草药2018，49，15： | 1 |
| 13 | 基于转录组信息的艾纳香牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因(BbGGPS)的克隆及序列分析显示文摘采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of c DNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L·DC)的叶片中克隆到二萜化合物合成的关键酶牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(Bb GGPS)基因。结果显示:Bb GGPS基因的c DNA全长1475 bp,包含开放阅读框(ORF)1002 bp,编码334个氨基酸;亚细胞结构定位于叶绿体,既非膜蛋白也非分泌性蛋白。疏水性分析显示,Bb GGPS是亲水性蛋白。同源性比对结果显示,Bb GGPS蛋白与其他植物中GGPS蛋白具有高度的相似性。系统发育分析表明,所有序列被聚为5大类,Bb GGPS与菊科植物刺菜蓟聚(Cynara cardunculus var)为一类,表明与其亲缘关系最近。 | 夏奇峰 赵致 刘红昌 官玲亮 庞玉新 | 2016 | 山地农业生物学报2016，35，4： | 1 |
| 14 | SmGGPPS2对丹参酮合成的影响显示文摘香叶基香叶基焦磷酸合酶(GGPPS)是植物二萜类次生代谢物合成过程中的重要调控位点。在药用模式植物丹参(Salvia miltiorrhiza)中,GGPPS基因家族成员SmGGPPS2的生物学功能及其在丹参酮有效成分合成过程中的作用尚不明确。分别在丹参植株中过表达和RNA干涉SmGGPPS2基因,并对转基因丹参中丹参酮含量和丹参酮合成相关基因表达量以及转基因植物生理指标进行检测,结果表明,过表达SmGGPPS2株系中的丹参酮IIA和铁锈醇等脂溶性成分含量高于野生型; RNA干涉SmGGPPS2株系中的丹参酮IIA和铁锈醇等脂溶性成分含量均低于野生型。调节表达SmGGPPS2后,丹参株系中SmHMGR1和SmCPS1等多个关键酶基因的表达都呈现明显的变化。此外,调节表达SmGGPPS2还影响丹参植株抗性。以上结果表明, SmGGPPS2在丹参酮等萜类物质的合成中起重要的调控作用。 | 化文平 陈尘 智媛 刘莉 王喆之 李翠芹 | 2019 | 植物学报2019，0，2： | 1 |
| 15 | 丹参酮生物合成途径及其相关酶的研究进展显示文摘丹参酮是丹参中具有多种药理活性的二萜醌类化合物,对预防和治疗心脑血管系统疾病有显著效果。因其具有重要的经济和药用价值,丹参酮的生物合成研究受到人们的广泛关注。随着丹参基因组和转录组数据的不断积累和完善,以及丹参遗传转化体系的建立和基因编辑技术的应用,丹参酮的生物合成途径解析及相关酶基因研究取得了新进展。现系统阐述丹参酮的生物合成途径与研究进展,同时对合成途径相关酶基因的研究现状进行概述,并展望未来的研究方向。 | 余燕 吴一超 姜媛媛 张利 | 2023 | 生命科学2023，35，8： | 1 |
| 16 | 15种药用植物的GGPPS蛋白生物信息学分析显示文摘利用生物信息学的方法对15种药用植物GGPPS蛋白的理化性质、亚细胞定位、功能结构域、二级结构以及三级结构等方面进行预测和分析。结果表明,药用植物GGPPS蛋白是一种亲水性、不稳定的非跨膜蛋白,都具有一个相同的功能结构域polyprenyl-synt。GGPPS蛋白二级结构与三级结构的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲。同源性分析表明GGPPS蛋白具有很高的保守性,雷公藤(Tripterygium wilfordii)GGPPS蛋白与其余14种植物的亲缘关系较远。 | 郝爱平 国会艳 齐虹凌 魏继承 | 2019 | 湖北农业科学2019，58，2： | 1 |
| 17 | 芍药GGPPS家族基因的克隆及生物信息学分析显示文摘萜类物质是芍药根的重要药用活性成分,香叶基香叶基焦磷酸合酶(geranylgeranyl pyrophosphate synthase,GGPPS)是萜类物质生物合成的关键酶。为研究GGPPS基因在芍药根萜类物质生物合成中的作用,本研究基于芍药转录组测序数据(DRX027794),从芍药根中成功克隆了PlGGPPS家族的3个基因并对其进行了生物信息学分析。结果表明,PlGGPPS、PlGGPPSssu-like和PlGGPPSssu基因(GenBank登录号分别为KP708574,KP708573和KP708572)分别编码含有369、298和340个氨基酸的蛋白质,它们与多种近缘植物GGPPS蛋白家族成员具高同源性。预测的蛋白质均隶属于萜类合酶超级家族,然而PlGGPPSssu-like蛋白缺少保守的FARM和SARM保守结构域,分子进化树分析结构显示其分类地位相对独立。蛋白亚细胞定位于叶绿体或质体,为不含跨膜结构域、不含信号肽的不稳定蛋白;其二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,三级结构以单体形式存在,为后续开展PlGGPPS家族中PlGGPPS、PlGGPPSssu-like和PlGGPPSssu基因的时空表达特性分析及其功能研究提供了理论基础。 | 左永丽 吴疆 温雅欣 徐杰 史国安 范丙友 | 2022 | 分子植物育种2022，20，18： | 1 |
| 18 | 艾纳香脱氢酶基因家族的生物信息学分析显示文摘采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera (L.) DC.)叶片中克隆到4条编码艾纳香脱氢酶(BbADH1、BbADH2、BbADH3、BbADH4)基因的cDNA序列,并对4条核苷酸及其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:4条艾纳香脱氢酶序列开放阅读框均在900bp左右,蛋白质等电点(pI)值在5.0~9.0之间,含量最多的氨基酸为亮氨酸(Leu),最少的为色氨酸(Try),具有明显的疏水区和亲水区,N端未发现信号肽,且无跨膜区;同源性比对结果显示,艾纳香BbADH蛋白与其他植物中ADH蛋白具有高度的相似性,且具有脱氢酶的特征功能域;系统发育分析表明,艾纳香(B. balsamifera (L.) DC.)BbADH1和BbADH3同处于一个分支,且与胡杨(Populus euphratica Oliv.)PeADH物种亲缘关系较近,而艾纳香BbADH4和BbADH2处于不同分支,且分别与葡萄(Vitis vinifera)VvADH和烟草(Nicotiana tabacum)NtADH物种亲缘关系较近。 | 白琳 官玲亮 查英 于福来 王凯 谢小丽 庞玉新 陈松笔 | 2020 | 热带作物学报2020，41，6： | 0 |
| 19 | 马尾松PmFPP和PmGGPP基因分子特征与表达分析显示文摘牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸(GGPP)和法尼基焦磷酸合酶(FPP)是萜类合成过程中的关键酶。为给马尾松萜类合成途径基因功能研究提供参考,本研究对前期转录组数据中鉴定的PmFPP和PmGGPP基因进行生物信息学分析,采用实时荧光定量技术研究基因在激素和钙离子处理下的表达模式。结果表明,PmFPP和PmGGPP基因编码347和385个氨基酸,亚细胞分别定位于线粒体和质体,两个基因均含有聚戊烯合成酶特征1、十聚异戊二烯二磷酸合成酶结构,并含有FARM和SARM保守基序,与针叶树亲缘关系最近。PmFPP和PmGGPP基因对SA的响应最快,PmGGPP响应MeJA和ABA处理的表达时间早于PmFPP,PmFPP和PmGGPP在SA和GA处理下是正调控表达。PmFPP在MeJA+Ca^(2+)处理后期表达量上升。PmFPP和PmGGPP基因响应不同外源信号物质处理,但表达模式不同。 | 陈虎 谢俊康 陆晶宇 谭健晖 李鹏 杨章旗 | 2021 | 广西林业科学2021，50，6： | 0 |
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