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| 1 | 高通量测序分析DNA提取引起的对虾肠道菌群结构偏差显示文摘【目的】通过高通量测序技术,评价不同DNA试剂盒提取引起的对虾肠道菌群结构偏差,了解健康凡纳滨对虾肠道菌群结构特征。【方法】分别以细菌、粪便和组织DNA试剂盒3次重复提取凡纳滨对虾肠道总DNA(分别编号为SIB,SIS和SIT),检测DNA含量、纯度及其16S r DNA V4区可扩增性,进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序比较SIB和SIS样品菌群组成和多样性。【结果】细菌试剂盒提取的虾肠总DNA效果最好,粪便试剂盒次之,而组织试剂盒所提DNA含量低且难以被扩增。从SIB和SIS样品分别获得52151±5085和55296±5147条有效序列,同一(46800条)测序深度下,SIS样品OTU(operational taxonomic unit)数量和Shannon多样性指数均显著高于SIB的,而SIB样品间OTU重复性则优于SIS样品间的。从SIB和SIS样品鉴定的优势门一致,均包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria),但不同分类水平上绝大多数优势菌群丰度在两种样品间差异明显。【结论】高通量测序分析表明对虾肠道菌群结构因DNA提取方法不同而呈现显著偏差;本研究健康凡纳滨对虾肠道核心菌群主要由发光杆菌属(Photobacterium),乳球菌属(Lactococcus),弧菌属(Vibrio),Aliivibrio和3个分类未定属构成。 | 温崇庆 何瑶瑶 薛明 梁华芳 董俊德 | 2016 | 微生物学报2016，56，1： | 28 |
| 2 | 饲料中补充蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物组成的影响显示文摘为了研究外源补充蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾生长及对其肠道微生物组成的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌活菌作为实验组(活菌含量为108 CFU/g),每组4个平行,在养殖场对凡纳滨对虾自幼苗至成虾进行一个完整养殖周期的养殖实验。选取养殖场中8个光照、位置等条件基本相同的养殖池分为2组,空白组投喂基础饲料,实验组投喂免疫饲料,养殖周期95 d。期间在第45、52、59、66、73天采样,称重并计算生长速率,并取其肠道内容物提取DNA,用16S r DNA序列V4区高通量测序方法检测对虾肠道内微生物群落的结构及变化情况。结果显示:(1)投喂免疫饲料的实验组对虾生长速度比空白组平均快15.2%。(2)健康的凡纳滨对虾肠道微生物以变形菌门和拟杆菌门含量高,厚壁菌门、疣微菌门、浮霉菌门、放线菌门含量较低。(3)空白组变形菌门平均含量(68.30%),明显高于实验组平均含量(57.94%);空白组拟杆菌门平均含量(23.58%)明显低于实验组平均含量(30.06%)。(4)变形菌门中以弧菌属、Anaerospora、小红卵菌属为主,空白组弧菌属平均占总含量的5.40%,实验组平均占总含量的1.94%;拟杆菌门中以异养硝化菌属、粘着杆菌属为主,实验组异养硝化菌属平均占总含量的8.12%,空白组平均占含量的5.56%。研究表明,饲料中添加蜡样芽胞杆菌投喂凡纳滨对虾后可改变对虾肠道的微生物组成,提高对虾生长速度。 | 唐杨 刘文亮 宋晓玲 张晓静 张盛静 黄倢 | 2017 | 水产学报2017，41，5： | 23 |
| 3 | 活性污泥中的腐殖酸对实时荧光定量PCR的影响显示文摘活性污泥基因组中的腐殖酸会影响实时荧光定量PCR检测的准确性.本研究采用抽提基因组前腐殖酸去除试剂盒、抽提基因组后腐殖酸去除试剂盒、抽提基因组前后共同去除试剂盒3种不同的方法,去除活性污泥基因组中的腐殖酸,经过PCR和实时荧光定量PCR方法的验证找出腐殖酸去除的最适方法;通过DNA酶Ⅰ消化基因组DNA保留杂质腐殖酸,向其中掺入已知浓度的总细菌质粒,5个浓度10倍梯度稀释10 ng·μL^(-1)的定量模板,探究腐殖酸和梯度稀释模板对活性污泥总细菌实时荧光定量PCR的影响.结果显示,在不同处理组中,通过反复洗脱的方式在基因组抽提前去除活性污泥中的腐殖酸,DNA的得率(162.46 ng·μL^(-1))最多,A260/230值为1.34,A260/280值为1.80,腐殖酸的残留最少;去除腐殖酸后外加内标质粒组,梯度稀释10 ng·μL^(-1)模板100倍及以上,腐殖酸的抑制效应显著降低后保持不变(p<0.05),100倍以内变化不显著(p>0.05);抽提前去除腐殖酸组进行实时荧光定量PCR的抑制效率为6.16%,显著低于对照组的72.68%(p<0.05).研究表明,抽提前去除活性污泥腐殖酸,抽提后将基因组模板稀释100倍可显著降低活性污泥实时荧光定量PCR的抑制效率,提高定量结果的准确性. | 倪敏 刘婷婷 顾海东 李祥 潘杨 | 2018 | 环境科学学报2018，38，1： | 2 |
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