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| 1 | 蓖麻SnRK2基因家族的鉴定和特征分析显示文摘SnRK2是一类植物特有的Ser/Thr类蛋白激酶。为研究其在蓖麻抗逆过程中的作用,基于蓖麻的基因组序列信息,利用生物信息学方法鉴定了6个蓖麻SnRK2蛋白激酶成员。分析发现这些蛋白具有亲水性属性,基因结构分析表明,植物SnRK2基因在进化过程中具有很高的保守性;系统与进化分析发现植物SnRK2蛋白在单、双子叶植物中分化显著,可能是独立演化的结果。高通量RNA-seq测序结果显示,大部分SnRK2基因在检测的各个组织中均有表达,且在不同组织间或种子发育的不同阶段没有明显的组织特异性;外源ABA处理种子后,Group 2的基因表达显著上调。进一步利用半定量RT-PCR技术检测外源(100μmol/L)ABA、(250mmol/L)Na Cl和(4℃)冷胁迫处理的幼苗,发现Group 2中的基因29908.m006067被这3种胁迫强烈激活,基因29772.m000313对ABA和冷胁迫有较强的响应。 | 敖涛 胡尊红 和珊 胡学礼 刘旭云 刘爱忠 | 2015 | 中国油料作物学报2015，37，2： | 6 |
| 2 | 小桐子SnRK2基因家族的全基因组鉴定及特征分析显示文摘蔗糖非发酵-1型相关蛋白激酶2(sucrose non-fermenting-1 related protein kinase 2,Sn RK2)属植物特有的一类Ser/Thr类蛋白激酶,参与植物体内多种信号转导途径及逆境胁迫的应答。基于小桐子基因组数据,利用生物信息学的方法鉴定到7个小桐子Sn RK2基因家族成员,并对其从系统进化、理化性质、基因结构及顺式作用元件等进行了分析。结果表明,小桐子Sn RK2基因在进化上较为保守,并聚类为3个亚家族。基因结构包含9~10个外显子,编码的蛋白序列都鉴定到典型的激酶结构域以及C末端酸性补丁区域。同时,在Sn RK2基因上游调控区域都鉴定到多个激素与逆境应答元件。表达分析显示,Sn RK2.1、Sn RK2.2在低温处理下上调表达显著,经过干旱处理,7个小桐子Sn RK2基因在叶中都上调表达,而Sn RK2.1、Sn RK2.2、Sn RK2.5上调表达量达到极显著水平(p<0.01)。本研究为进一步的克隆小桐子Sn RK2基因以及研究其在信号转导与激素、逆境应答中的功能提供了参考。 | 王海波 | 2016 | 分子植物育种2016，14，9： | 6 |
| 3 | 草莓SnRK2基因家族的鉴定与表达分析显示文摘蔗糖非酵解相关蛋白激酶(sucrose non-fermenting-1-related protein kinase,SnRK)是一类植物特有的丝氨酸/苏氨酸(Ser/Thr)类蛋白激酶,在植物抗逆研究中扮演着重要的角色。为探究草莓(Fragaria vesca)中SnRK2基因家族的数量、结构以及响应非生物胁迫表达的差异性,以拟南芥(Arabidopsis thaliala)和水稻(Oryza sativa)SnRK2基因保守序列为基础,使用生物信息学工具,对草莓SnRK2基因家族成员进行同源比对,对其基因结构、系统进化、保守基序、蛋白理化性质、蛋白二级结构和顺式作用元件等进行分析,并采用qRT-PCR对基因在模拟逆境胁迫下的表达情况进行分析。结果显示,从草莓基因组数据库中鉴定得到10个SnRK2基因家族成员,分为3个亚族,编码氨基酸数为258~364个,分子量为29469.75~41481.68 D,理论等电点介于4.68~9.10之间,分布于草莓4条染色体上。基因结构和motif分析表明,多数基因有9个外显子;同一亚族的motif分布情况基本相似。亚细胞定位预测结果表明,FvSnRK2基因家族主要在细胞质中表达。蛋白二级结构主要以α-螺旋和不规则卷曲为主。上游2 kb顺式作用元件分析显示,FvSnRK2基因家族所有成员均含有MYB和MYC转录因子应答元件。qRT-PCR分析表明,FvSnRK2基因家族成员中,有5个基因在10%PEG6000处理后12 h时相对表达量最高,FvSnRK2.4响应最明显,为0 h的15倍;100μmol/L脱落酸(abscisic acid,ABA)处理后有6个基因相对表达量在24 h时最高,2个基因在12 h时最高,且FvSnRK2.5和FvSnRK2.9响应强烈,分别为0 h时的16.2倍和42.4倍;7个基因在200 mmol/L NaCl处理后相对表达量在2 h时最高,FvSnRK2.10响应强烈,为0 h时的65.2倍,FvSnRK2.5在12 h时最高,为0 h时的94.7倍。FvSnRK2.5和FvSnRK2.10在ABA和NaCl处理后响应强烈,在草莓抗逆境信号调节中有重要的调节作用。本研究为草莓SnRK2基因功能验证及育种工作提供了理论参考。 | 刘涛 王萍萍 何红红 梁国平 高雪琴 卢世雄 陈佰鸿 毛娟 | 2019 | 农业生物技术学报2019，27，12： | 4 |
| 4 | 丹参蛋白激酶SmSnRK2.4的克隆及表达分析显示文摘蔗糖非酵解型蛋白激酶家族2(SnRK2)在逆境植物信号转导途径中起着重要作用。该研究根据丹参转录组数据从丹参c DNA中克隆得到一个SnRK2家族基因,命名为Sm SnRK2.4,属于Ⅰ类SnRK2。Sm SnRK2.4基因包含8个内含子,9个外显子,其开放阅读框1 068 bp,编码355个氨基酸,推测其蛋白相对分子质量为40.63 k Da,将其构建到原核表达载体p MAL-c2X上,原核诱导表达出与预测蛋白大小一致的目的蛋白。依据丹参基因组序列,Plant CARE分析Sm SnRK2.4起始密码子ATG上游3 0 0 0 bp的启动子系列,结果显示该序列包含I-box,GA-m otif,H SE,LTR,TC-rich repeats等逆境胁迫响应元件,以及GARE-m otif,P-box,ABRE,CGTCA-m otif等激素响应元件。实时荧光定量PCR分析表明Sm SnRK2.4在丹参根中的含量较高,在茎中和叶中含量相当,ABA和PEG胁迫响应分析表明,Sm SnRK2.4对PEG渗透胁迫响应显著,对ABA胁迫响应微弱。该研究为进一步探讨Sm SnRK2.4基因在丹参干旱胁迫下次生代谢产物积累机制中的作用奠定了基础。 | 贾彦彦 汝梅 金伟波 梁宗锁 | 2017 | 中国中药杂志2017，42，2： | 2 |
| 5 | 盐胁迫下玉米毛状根再生植株SnRK2基因的表达显示文摘玉米(Zea mays L.)属禾本科玉蜀黍属,是世界第一大粮食作物.本研究以玉米毛状根再生植株为植物材料,通过对盐胁迫下玉米毛状根再生植株SnRK2基因表达量进行半定量PCR分析,探究盐胁迫对玉米毛状根再生植株SnRK2表达的影响.结果发现,不同处理下玉米毛状根再生植株的SnRK2基因表达含量均高于对照,盐胁迫对玉米毛状根再生植株的SnRK2基因表达影响较小,但显著降低对照组玉米SnRK2基因的表达.本研究为后续探究玉米毛状根再生植株的耐盐机制提供理论支持. | 徐洪伟 张鑫 刘培源 周晓馥 | 2018 | 吉林师范大学学报(自然科学版)2018，39，1： | 2 |
| 6 | 青稞HbSnRK2.4的克隆及其序列特征与表达特性分析显示文摘干旱胁迫是制约农作物生产的重要限制因素之一,研究并增强作物的抗旱性具有重要意义。Sn RK2(Sucrose nonfermenting 1-related protein kinase 2)基因编码一类蔗糖非酵解型蛋白激酶,该酶在ABA信号转录途径和抗渗透胁迫中起着重要作用。以青稞(Hordeum vulgare subsp.vulgare)抗旱品种喜马拉雅10号为材料,利用RT-PCR技术克隆获得了Sn RK2基因全长c DNA序列,命名为Hb Sn RK2.4(登录号:KJ699389)。生物信息学分析表明,该基因全长1 310 bp,编码362个氨基酸序列,蛋白分子量为41.94 k D,等电点(p I)为5.96。Prosite Scan分析结果表明,Hb Sn RK2.4含有多个干旱胁迫响应蛋白的作用位点,如酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、酪氨酸激酶磷酸化位点、蛋白激酶C磷酸化位点及N-豆蔻酰化位点等。利用实时定量PCR方法研究了Hb Sn RK2.4在干旱胁迫条件下及复水后不同时间点的表达情况,发现Hb Sn RK2.4在土壤绝对含水量为33.4%时表达量最高,随着土壤绝对含水量的下降而下调表达;当达到作物正常生长所需的土壤绝对含水量时又开始上调表达;进行干旱胁迫后(<15.5%)基因表达量下降;复水后8 h时恢复正常表达水平。 | 曾兴权 王玉林 徐齐君 原红军 韦泽秀 尼玛扎西 | 2015 | 生物技术通报2015，31，2： | 1 |
| 7 | 基于RNA-seq技术对乌头属铁棒锤中自交不亲和S基因的挖掘与分析显示文摘以毛茛科乌头属铁棒锤(Aconitum pendulum N.Busch)2个品系‘蓝花铁棒锤’(‘WSYB1’)和‘黄花铁棒锤’(‘WSYY1’)为材料,对其进行转录组测序(RNA-seq),采用生物信息学方法鉴定其中可能存在的花柱S基因(self-incompatibility gene)和花粉S基因,并对它们的序列特征进行分析。结果显示,转录组中共鉴定出2个在雌蕊中特异或高表达的花柱S基因(ApSRNase)和2个在雄蕊中特异表达的花粉S基因(ApSLF)。与耧斗菜(Aquilegia coerulea James)相似,铁棒锤中也存在S-RNase(S locus ribonucleases)和SLF(S locus F-box)控制的S-RNase类的自交不亲和系统,而不存在sS(stigma S-determinant)和pS(pollen S-determinant)控制的罂粟科类型的自交不亲和系统。 | 李雪丽 耿甜甜 汪颖 钱婷 张玉洁 赵凡 孙坤 张辉 | 2021 | 植物科学学报2021，39，2： | 1 |
| 8 | 薄壳山核桃 SnRK2 基因家族鉴定及表达分析显示文摘通过生物信息学方法从薄壳山核桃〔Carya illinoinensis(Wangenh.)K.Koch〕全基因组中鉴定出SnRK2基因家族成员,并对该基因家族成员编码蛋白的理化性质及基因的结构、保守基序、共线性关系、顺式作用元件和表达模式进行了分析。结果表明:从薄壳山核桃全基因组中鉴定出13个SnRK2基因,命名为CiSnRK2.1至CiSnRK2.13,编码氨基酸残基数为336~366,理论等电点均小于pI 7,且所有编码蛋白为亲水蛋白。13个CiSnRK2与10个拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕SnRK2的氨基酸序列高度保守,包含相同的结构域,如脱落酸(ABA)诱导调节结构域。13个CiSnRK2分为3组,薄壳山核桃与山核桃(C.cathayensis Sarg.)的SnRK2亲缘关系较近;每组中的CiSnRK2具有相似的保守基序和基因结构。13个CiSnRK2基因存在12对共线关系,Ka/Ks分析结果表明CiSnRK2基因进化过程主要受到正选择。CiSnRK2基因的启动子包含丰富的环境胁迫类及激素类响应元件,其中激素类响应元件以ABA响应元件最多。多数CiSnRK2基因在薄壳山核桃不同组织中有不同程度表达,其中CiSnRK2.5、CiSnRK2.8、CiSnRK2.9和CiSnRK2.12的表达水平较低,CiSnRK2.2、CiSnRK2.3和CiSnRK2.13的表达水平较高。经100μmol·L-1 ABA处理24 h后,除CiSnRK2.2、CiSnRK2.3、CiSnRK2.6外,其余10个基因表达水平均上调。综合分析表明:薄壳山核桃SnRK2基因家族成员具有SnRK2基因家族的基本特征;该基因家族成员在不同组织中的表达特性存在差异,部分CiSnRK2基因的表达呈现组织特异性;ABA处理后部分CiSnRK2基因的表达水平显著上调,由此推断这些基因可能参与薄壳山核桃的ABA诱导响应过程。 | 马文娟 朱凯凯 谌梦云 赵娟 谭鹏鹏 彭方仁 | 2023 | 植物资源与环境学报2023，32，2： | 0 |
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