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| 1 | 桃GRAS家族全基因组鉴定与响应UV-B的表达模式分析显示文摘【目的】GRAS基因家族成员在调节植物生长发育中发挥着关键作用。通过生物信息学分析GRAS在桃基因组中的分布、结构及进化,研究家族成员在不同组织中的表达特异性及其对UV-B的响应,解析GRAS基因家族的生物学功能。【方法】对设施油桃‘中油5号’(Prunus persica var.nectarina cv.Zhongyou5)补充适量UV-B(Ultraviolet-B)剂量,利用Plant TFDB数据库鉴定桃GRAS基因家族成员。采用Clustal W、MEGA6.0、ProtParam tool、MCScanX、Circos、SMART、NCBI-CDD、ExPASy、GSDS和MEME等软件构建系统进化树,绘制染色体定位图,预测蛋白的相对分子质量与等电点等理化性质等,分析GRAS基因家族成员在不同组织中的表达模式,利用qRT-PCR技术检测桃GRAS在UV-B处理下的表达情况。【结果】从桃全基因组中鉴定出48个GRAS转录因子家族基因,构建系统进化树将这48个成员分为9个亚家族,PpGRAS在桃的8条染色体上呈不均匀分布。对GRAS基因家族进行理化性质分析发现,其蛋白平均长度为590.52 aa,等电点在4.36—7.56。GRAS家族基因结构分析表明,有40个基因不含内含子,8个基因含有1个内含子。保守元件分析显示,GRAS家族包含20个保守元件,其中Motif 2和4在GRAS的家族中高度保守,同一个亚家族成员含有相同的保守元件,其可能具备相似的功能。然而,有些亚家族成员的表达模式不同,这可能与其保守基序之外的序列有关。PpGRAS在不同组织中具有不同的表达模式。叶片中PpGRAS5经UV-B处理后上调表达最显著,而有多达15个基因表达量呈现下调。果实中PpGRAS13经UV-B处理后上调表达,但有9个基因表达下调。韧皮部中,UV-B处理后有14个基因上调表达,而PpGRAS16经处理后在韧皮部中表达下调最明显。【结论】从桃基因组中共鉴定出48个GRAS基因家族成员,分布于8条染色体上;多数PpGRAS能响应UV-B处理,但在不同组织中的表达不尽相同。 | 李晨 赵雪惠 王庆杰 王旭旭 肖伟 陈修德 付喜玲 李玲 李冬梅 | 2019 | 中国农业科学2019，52，24： | 7 |
| 2 | 葡萄SCARECROW Like 14-Like基因的表达特征及胁迫响应研究显示文摘为探索外源赤霉素(GA3)介导的无核葡萄果实膨大过程中的信号途径的调控基因,寻找验证主要调控元件,本研究以欧亚种无核葡萄品种‘无核白鸡心’(Vitis vinifera L.cv.Centennial Seedless)为材料,通过半定量RT-PCR技术分析属于GRAS基因家族的SCARECROW Like 14-Like(VvSCL14-Like)基因在葡萄不同组织器官和果实发育期的表达。通过启动子克隆、生物信息学分析、promoter∷GUS融合基因和GUS组织染色法对该基因的表达特征进行了研究。半定量RT-PCR结果表明,VvSCL14-Like基因主要在休眠芽中表达,在果实发育过程中无表达。利用GA3对葡萄幼果进行膨大处理,处理后1、3和7d的果实转录组结果表明VvSCL14-Like的转录水平无差异。对VvSCL14-Like启动子进行生物信息学分析,发现多个响应外源激素和逆境胁迫的作用元件。VvSCL14-Like启动子驱动的GUS基因,只在拟南芥萌发初期下胚轴处表达。以GA3和NaCl分别处理阳性拟南芥幼苗,48h后GUS基因均在叶柄和叶脉表达。干旱胁迫处理阳性拟南芥幼苗,15d后GUS基因只发现在根部表达。研究结果表明:VvSCL14-Like基因的表达具有组织特异性,参与外源赤霉素(GA3)和非生物胁迫响应过程,但不是外源赤霉素(GA3)介导的无核葡萄果实膨大过程的主要调控元件。 | 陈立勇 柴丽娟 陈尚武 马会勤 | 2014 | 中国农业大学学报2014，19，3： | 3 |
| 3 | 葡萄VvSCL9基因和启动子的克隆及初步研究显示文摘以欧亚种无核葡萄品种‘无核白鸡心’(Vitisvinifera L.cv.Centennial Seedless)为材料,通过半定量RTPCR比较了VvSCL9基因在葡萄不同组织器官中的表达,利用转录组分析探索了葡萄果实中VvSCL9对外源赤霉素(GA3)处理的响应。通过全基因序列和启动子克隆、启动子生物信息学分析及转基因验证进一步研究了VvSCL9的表达特征及对不同胁迫的响应。结果表明,VvSCL9在葡萄梢尖、幼叶、成叶、老叶和花序等组织器官中均有表达,参与葡萄果实第一快速生长期的发育,但对外源GA3处理无显著响应。对克隆得到的VvSCL9启动子进行生物信息学分析,发现多个激素和逆境胁迫响应的作用元件。以GA3处理超表达VvSCL9的转基因烟草种子,转基因烟草种子的萌发率在前期低于对照。转基因烟草组培苗对100mmol/L NaCl的耐受性高于对照。研究表明,VvSCL9基因参与葡萄的营养生长和生殖生长,能够提高植物耐盐性,在一定程度上影响植物外源GA3的敏感性,但可能不是外源赤霉素(GA3)介导的无核葡萄果实膨大过程的主要调控元件。 | 陈立勇 陈丽华 柴丽娟 陈尚武 马会勤 | 2015 | 中国农业大学学报2015，20，2： | 3 |
| 4 | 柱型苹果GRAS基因家族MdSCR的克隆与生物信息学分析显示文摘以'富士×特拉蒙'杂交后代柱型株系新梢为试材,用同源克隆方法,得到了柱型苹果GRAS基因家族的MdSCR基因,开放阅读框(ORF)长度为1458bp,编码486个氨基酸,推测其蛋白质分子质量为54.894kD,等电点(pI)为5.96,具有GRAS基因家族典型结构域。MdSCR基因与毛果杨(Populus trichocarpa)GRAS转录因子的氨基酸序列具有67.8%的相似性,与江南卷柏(Selaginella moellendorffii)、葡萄(Vitis vinifera)、大豆(Glycine max)的SCARECROW-like氨基酸序列均有58.5%以上的相似性。氨基酸聚类分析表明,苹果和毛果杨、江南卷柏聚类关系最近,其次是葡萄,关系最远的是欧洲赤松;生物信息学分析表明,MdSCR的蛋白质二级结构有208个α-螺旋,54个延伸链和224个无规则折叠区。 | 韩菲 戴洪义 张玉刚 | 2012 | 青岛农业大学学报(自然科学版)2012，29，3： | 1 |
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