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| 1 | 玉米SSR引物和甘蔗EST-SSR引物在芒属中的通用性研究显示文摘芒属种质资源是芒属能源作物新品种育种的基础。为了给开展芒属的相关遗传分析提供基础,本研究以中国芒属植物全部7个种类为材料,对382对玉米SSR引物和100对甘蔗EST-SSR引物的通用性进行研究以筛选有效的微卫星分子标记。筛选分前期筛选以获得初步有效的引物和后期使用这些初步有效的引物对全部供试材料进行扩增2个环节进行。结果表明,在全部84份供试材料中都能实现稳定PCR扩增且条带清晰、有多态性、能准确判读的玉米SSR引物和甘蔗EST-SSR引物分别为39对(10.21%)和13对(13.00%)。这52对引物在所有供试材料中扩增总共得到250条带。其中在芒属中产生220条带,而多态性条带为206条(93.64%),平均每对引物获得3.96条多态性条带。在扩增条带中,出现了不少特异性条带。基于全部250条带计算得到的遗传相似度(GS)为0.588~0.988。采用非加权类平均法聚类的结果表明,在GS=0.68水平上,中国芒属植物分为两大类:第一类由尼泊尔芒、双药芒、红山茅构成,第二类由芒、五节芒同荻、南荻组成;在GS=0.82水平上,芒与五节芒同荻与南荻分开;在GS=0.88时,芒与五节芒分开。结果初步表明中国芒属植物遗传多样性比较丰富。其中,芒、五节芒、荻和南荻的相似性较高,相似度为0.780~0.988,说明它们之间的遗传距离较近,而尼泊尔芒、双药芒、红山茅同这四者的遗传距离却较远。因此建议在中国芒属植物的遗传改良和新品种选育时,亲本选配可以适当考虑这三者,以拓宽杂交种的遗传基础。 | 卢玉飞 蒋建雄 易自力 | 2012 | 草业学报2012，21，5： | 29 |
| 2 | 五节芒表型性状和SSR标记遗传多样性分析显示文摘本研究利用25个表型性状和33对SSR标记,对53份五节芒种质资源的遗传多样性进行了评价。表型性状分析结果表明,25个表型性状在不同五节芒种质间表现出较大差异,变异系数的变化范围为6.53%~69.82%,其中整株干重、三级花序数、二级花序数等性状变异较大,是造成表型差异的主要因素。表型聚类将53份供试材料划分为3个类群,大部分材料聚在第Ⅲ类群内,但仍有部分材料独立成群。SSR标记分析结果表明,26对SSR引物在53份五节芒中表现出多态性,这些多态性引物共产生81条DNA带,其中多态性条带为74条,占91.36%。多态性信息含量(PIC)为0.086~0.374,平均为0.245。53份五节芒遗传相似性系数在0.693 2~0.965 9,平均遗传多样性指数(H)为0.258 7,Shannon信息指数(I)为0.400 4。基于SSR分子标记的聚类分析表明,种质资源与其地理分布并不存在明显的相关性。表型性状和SSR分子标记结果均表明五节芒种质具有丰富的遗传多样性。 | 薛德 肖亮 艾辛 邓念丹 蒋建雄 覃静萍 陈智勇 刘树玲 易自力 | 2012 | 草业学报2012，21，5： | 16 |
| 3 | 豌豆属种质资源遗传多样性的ISSR分析显示文摘用ISSR标记技术对来自国内外的73份豌豆材料进行遗传多样性分析,结果表明,100个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,73份材料DNA共扩增出91条条带,其中78条为多态性条带,平均每个引物扩增的条带数为8.2条,多态性比率为86.4%。Shannon多样性指数平均为0.420 2,每个位点的有效等位基因数为1.451 8,品种间遗传相似系数变幅为0.406 5~0.934 0,表现出丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.52为界限,73份材料划分为5类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律。 | 曾亮 李敏权 杨晓明 | 2012 | 草业学报2012，21，3： | 15 |
| 4 | 苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价显示文摘苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。 | 朱永群 彭丹丹 林超文 聂刚 许文志 黄琳凯 罗付香 彭建华 张新全 | 2018 | 草业学报2018，27，5： | 15 |
| 5 | 牛鞭草品种EST-SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析显示文摘为探讨牛鞭草(Hemarthria spp.)品种间的遗传多样性,从86 对EST-SSR 引物中筛选出8 对引物对牛鞭草属6 个品种进行指纹图谱的构建及遗传多样性分析.结果表明,8 对EST-SSR 引物对牛鞭草属6 个品种共扩增出193 条清晰条带,多态性条带161 条,多态性比例为83.4%.每条引物的多态信息含量(PIC)为0.480 ~ 0.695,平均为0.602.UPGMA 聚类分析表明,牛鞭草属6 个品种在相似系数为0.652 处可分为两大类群.8 对EST-SSR 引物均能将6 个品种完全区分开,以3 对EST-SSR 引物扩增的电泳图谱为基础,建立了牛鞭草属6 个品种的指纹图谱标准模式图,每个品种都有唯-的指纹图谱.牛鞭草属6 个品种的平均Nei’s 基因多样性指数为0.333,平均Shannon 信息指数为0.496,品种间的相似系数介于0.399 ~ 0.782 之间.可见,牛鞭草属植物品种的遗传多样性较丰富,种间差异明显. | 黄秀 曾捷 聂刚 刘欢 黄琳凯 张新全 蒋晓梅 张瑜 张博涛 | 2014 | 热带亚热带植物学报2014，22，2： | 13 |
| 6 | 偃麦草EST-SSR标记开发及应用显示文摘利用NCBI数据库中偃麦草(Elytrigia repens)EST序列开发偃麦草EST-SSR引物,并对47份偃麦草资源进行遗传多样性分析,验证所开发EST-SSR引物在偃麦草上的可应用性。结果显示,在27 891条偃麦草EST序列中可以搜索到SSR位点1 068个;其中六核苷酸重复序列最多,占总SSR的53.83%;二、三、四、五、六核苷酸优势重复基元及出现频率分别为AC/TG(2.72%)、CGC/GCG(1.87%)、CGAC/GCTG(5.24%)、CCGCC/GGCGG(0.37%)、CAGCTC/GTCGAG(3.37%)。开发的105对偃麦草EST-SSR引物中有64对引物(60.95%)可以有效扩增;随机选取18对多态性引物对47份偃麦草进行遗传多样性分析,其多态性百分率为78.64%,多态性指数(PIC)为0.22~0.83。以上结果表明,开发的偃麦草EST-SSR标记是有效的,有较高的应用价值,为偃麦草遗传多样性、重要性状关联分析研究奠定了基础。 | 王瑞晶 李培英 张延辉 | 2016 | 草业科学2016，33，8： | 8 |
| 7 | 基于EST-SSR标记的蓝莓品种指纹图谱构建及遗传多样性显示文摘为给蓝莓品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平依据,从40对EST-SSR引物中筛选多态性良好的引物组合,选取其中引物CA231构建北高丛蓝莓栽培种的DNA指纹图谱、数字指纹图谱,利用非加权类平均法进行遗传多样性分析。结果表明:10个引物对组合共扩增出206个位点,其中多态性位点203个,占98.12%。每条引物的多态性位点数为9~48个,平均每条引物扩增出20.6个位点,平均多态性位点为20.3个。引物CA231扩增位点数最多,多态性比率为100%,且可以鉴别所有试验材料。构建30个北高丛蓝莓栽培品种的指纹图谱,并对其亲缘关系分析表明,在遗传相似系数为0.52时,30个品种聚为一类,当遗传相似系数为0.63时,77.7%的品种仍聚为一类。 | 高雄梅 徐国辉 王贺新 侯义龙 | 2016 | 贵州农业科学2016，44，4： | 8 |
| 8 | 基于EST-SSR标记的云南黄瓜种质资源遗传多样性分析显示文摘本研究从87对黄瓜EST-SSR引物中筛选出64对多态性引物,对39份云南地方黄瓜材料进行了遗传多样性和亲缘关系分析,281个观察等位基因被检测,平均检测每对引物4.40个,平均Shannon's信息指数为1.08。PIC在0.07~0.84之间,平均为0.55,Ho在0.05~0.92之间,均值为0.56,表明云南地方黄瓜种质资源遗传多样性较丰富。采用非加权类平均法(UPGMA)聚类,聚类分析表明39份云南地方黄瓜材料,当SM为0.665(L1)时,分为3大类群;当SM为0.738(L2)时,分为5个亚类群。二维图主坐标分析方法将其分为4大类群,而三维图主坐标分析方法分为6个亚类群。聚类分析和主坐标分析所获得结果基本一致,三维图主坐标更能较为真实的反映39个云南地方黄瓜材料间的亲缘关系,研究结果可为黄瓜种质资源保存和新品种选育提供依据。 | 李翔 张颖 许俊强 宋婷 李文璐 董玉梅 张应华 | 2016 | 分子植物育种2016，14，5： | 7 |
| 9 | 高牛鞭草(Hemarthria altissima)及其近缘种种质资源SCoT多样性分析显示文摘利用SCoT标记对来源于四大洲的46份牛鞭草(Hemarthna spp.)种质资源[包括36份高牛鞭草(Hemarthria altissima)、8份扁穗牛鞭草(Hemarthria compressa)及2份Hemarthria uncinata]的遗传多样性和亲缘关系进行了研究.从48条SCoT引物中筛选出条带清晰、多态性好和重复性好的22条,对46份牛鞭草(Hemarthria spp.)种质资源进行扩增.结果表明:共获得597条带,多态性比率(PPB)为89.1%,平均每条引物扩增多态性条带24.3条,多态信息含量(PIC)范围为0.443 ~0.877,平均0.623.46份牛鞭草种质资源平均Nei's基因多样性指数为0.273,平均Shannon信息指数为0.486,表明46份牛鞭草种质资源具有丰富的遗传多样性.供试材料间的遗传相似系数介于0.611~0.943之间,聚类分析和主成分分析结果高度相似,基本将供试材料按牛鞭草种类及地理来源分为4大类,表明46份牛鞭草种质资源的遗传多样性与牛鞭草种类及其地理来源具有一定的相关性.可见,SCoT能用于牛鞭草种质资源遗传多样性研究,是一种有效的分子标记.本研究将有利于牛鞭草种质资源的收集及评价利用. | 黄秀 张新全 张瑜 蒋晓梅 曾捷 刘欢 聂刚 张博涛 黄琳凯 | 2013 | 热带作物学报2013，34，11： | 6 |
| 10 | 利用苹果EST-SSR分析木瓜属种质遗传多样性显示文摘利用苹果属的EST-SSR标记对33份木瓜种质资源进行遗传多样性研究,以分析引物在木瓜属中的通用性。筛选出15对引物进行PCR扩增,其中9对引物显示多态性,共扩增出71条带,其中多态性条带59条,多态性条带比率83.10%,并且可成功区分不同种。PIC多态性信息含量平均值为0.45,Nei’s基因多样性(H)、Shannon指数(I)的平均值分别为0.45、0.71。根据EST-SSR数据的UPGMA聚类分析将材料分为五大类,木瓜属的不同基原样本各聚为一支,能很好地将5个种植物区分,显示出单系性。研究结果表明,苹果属的EST-SSR标记在木瓜属上具有高度的可转移性,可应用于木瓜属植物的资源评价及遗传关系研究。 | 张艳艳 齐红 郭庆梅 孙稚颖 周凤琴 李圣波 | 2016 | 生物技术通报2016，32，7： | 6 |
| 11 | 干旱胁迫对扁穗牛鞭草叶片抗氧化系统及膜脂过氧化的影响显示文摘通过室内盆栽试验,以抗旱能力不同的H036、H042、广益、2003-5扁穗牛鞭草为材料,定期测定土壤含水量、叶片相对含水量、丙二醛(MDA)、电导率、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽(GSH)等生理指标,研究干旱胁迫下扁穗牛鞭草叶片膜脂过氧化作用、非酶类保护物质含量和保护酶活性的生理变化情况,探讨扁穗牛鞭草材料之间抗旱机制的差异。结果表明:在干旱胁迫期间,扁穗牛鞭草叶片的MDA含量升高,而两种有关活性氧清除的物质CAT和SOD活性先增强后减弱,而非酶类抗氧化物质GSH含量呈现下降趋势。与抗旱性弱的扁穗牛鞭草材料相比,抗旱性强的材料,酶活性相对较高,丙二醛含量较低,在恢复正常供水后,能较快达到正常水平。综上所述,抗旱性强的扁穗牛鞭草材料在干旱胁迫下酶类和非酶类抗氧化保护系统比抗旱性弱的强。 | 杨盛婷 黄琳凯 张新全 蒋晓梅 严海东 黄秀 | 2013 | 热带作物学报2013，34，11： | 4 |
| 12 | 基于ISAP标记分析西南扁穗牛鞭草无性系种质遗传多样性和亲缘关系显示文摘利用ISAP标记对来自中国西南地区的44份扁穗牛鞭草(Hemarthria compressa)无性系材料的遗传多样性和群体遗传变异进行了分析研究.结果表明:从72对引物中筛选出19对扩增条带清晰、稳定性好的引物,共扩增出432条带,其中有316条带具有多态性,多态性条带比例(PPB)达73.15%,多态性信息量(PIC)在0.161~0.312之间,平均值为0.269,Shannon多样性指数(H)平均值为0.399,标记指数(MI)平均值为4.584,分辨率(RP)平均值为9.419,基因型指数(GI)平均值为0.937.各无性系间的遗传相似性系数(GS)在0.464~0.908之间,平均值为0.614.UPGMA聚类分析与基于模型的STRUCTURE分析结果相似,显示供试材料间的遗传关系与其地理来源无明显的相关性,采用AMOVA分析对2种方法划分的类群发现大部分变异来自于群体内部.表明ISAP标记能有效地用于扁穗牛鞭草遗传多样性以及基因型鉴定,同时为扁穗牛鞭草无性系的保存、鉴定和新品种选育提供理论依据. | 郭志慧 张新全 马啸 周朝杰 汪霞 黄琳凯 闫艳红 程亚娟 顾晓燕 刘新 | 2015 | 草地学报2015，23，1： | 4 |
| 13 | 黑麦草EST-SSR分子标记开发及生物信息学分析显示文摘为加速分子标记在黑麦草中的应用,利用黑麦草EST数据库(Gen Bank/db EST)开展了黑麦草EST-SSR信息分析、标记开发和EST功能分析研究。在25 752条黑麦草EST序列中,共发现346条SSR序列,占整个EST总数的1.344%。其中,三核苷酸基序最多(39.60%),次之为二核苷酸基序(31.79%)。三核苷酸基序以GGC/CCG出现频率最高,为8.38%,其次是CGC/GCG(7.51%)、GCC/CGG(4.05%)和ATG/TAC(2.02%),二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高(14.45%),其次是GA/CT(10.98%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Primer Premier 5.0软件,对346条EST-SSR序列进行引物设计,共设计引物193对,其中分值在90分以上的有113对(32.66%)。利用Gen Bank的Blast N和Blast X程序对相应113条EST进行功能分析,72条EST序列与51种具有生物学功能的蛋白质同源。 | 王秀华 李家丽 蒲艳艳 丛晓翔 林雪婷 于鸿翔 赵岩 | 2016 | 山东农业科学2016，48，10： | 2 |
| 14 | 扁穗牛鞭草分子标记及转录组学研究进展显示文摘扁穗牛鞭草[Hemarthria Compressa(L.F.)R.Br]是禾本科黍亚科牛鞭草属多年生草本植物,具有生长期长、生长速度快、再生力强、适应性强等特点,被广泛用于南方草地畜牧业,在水土保持、生态治理中也显示出广阔的应用前景。我国野生扁穗牛鞭草资源丰富,具有多样的生态类型。分子标记技术已经成熟,这为扁穗牛鞭草的遗传多样性分析、基因定位、良种选育以及种质资源鉴定等方面研究提供了极大的帮助,也为扁穗牛鞭草复杂的基因变异分析提供了理论依据。而转录组测序也开始在扁穗牛鞭草中应用。本文对近年来在扁穗牛鞭草研究中使用较多的几种分子标记技术和转录组研究进行综述,为扁穗牛鞭草分子方面的进一步研究提供借鉴。 | 聂嘉荣 张文浚 郑燕 曾兵 涂静怡 陈周刚 杨雨晴 顾力源 曾兵 | 2021 | 草学2021，，6： | 0 |
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