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| 1 | 葡萄WUSCHEL-related homeobox(WOX)家族基因鉴定与分析显示文摘本研究鉴定了10个葡萄WOX家族基因。系统发育树的结果显示,这些葡萄WOX家族成员与拟南芥中WOX家族成员可被分为现代分支、中间分支及祖先/基本分支三个大组。全部葡萄WOX家族成员都含有2个保守基序(motif),而每个分支的成员含有其特异的保守基序。不同葡萄WOX家族基因表达模式差异较大,部分葡萄WOX家族基因具有组织特异性。只有Vv WOX13在根中表达,推测其与根发育相关。研究发现,葡萄WOX家族在进化历史中主要遭受正向选择,而大量正向选择位点也被发现。本研究为将来葡萄组织发育研究提供基础。 | 王鹏飞 吴新颖 杨立英 王显苏 张倩倩 陈迎春 王珊 慕茜 陈万钧 王咏梅 | 2018 | 中外葡萄与葡萄酒2018，，3： | 4 |
| 2 | 马银花愈伤组织RoWUS基因及其启动子的克隆与表达分析显示文摘WUSCHEL(WUS)基因是植物干细胞的标志基因。采用同源克隆法结合RACE技术从马银花愈伤组织中克隆得到Ro WUS c DNA全长序列,采用染色体步移法克隆得到该基因的启动子序列,登录号分别为KF365488、KF861578。马银花Ro WUS c DNA全长1 123 bp,编码302个氨基酸;DNA序列2 001 bp,包含2个内含子和3个外显子;启动子序列3 122 bp。生物信息学分析表明:Ro WUS亚细胞定位于细胞核,是不稳定的亲水蛋白,无信号肽,具有跨膜结构,包含homeodomain功能位点。系统进化树分析结果表明:Ro WUS单独形成一个分支,与葡萄、大豆和苜蓿的亲缘关系最近。对Ro WUS的启动子进行分析表明,该启动子除了含有丰富的TATA-box和CAAT-box等基本元件以外,还含有多个光响应元件、逆境胁迫响应元件、激素应答元件和其他功能元件。q PCR结果表明:Ro WUS基因在马银花愈伤组织不同生长时期中呈先上升后下降的趋势,在第5个继代周期时表达量最高。外源赤霉素和脱落酸浓度为15 mg/L时表达量最高,说明Ro WUS基因在该浓度时对赤霉素和脱落酸的响应最强。 | 匡华琴 刘生财 陈裕坤 赖钟雄 | 2014 | 热带作物学报2014，35，10： | 2 |
| 3 | 葡萄HB基因家族全基因组鉴定及表达分析显示文摘[目的]本文旨在利用生物信息学方法鉴定葡萄同源异型盒(homeobox,HB)基因家族,对其序列和结构特征,进化特征和表达特性进行系统分析,筛选响应芽休眠及多种胁迫的候选葡萄HB基因。[方法]利用本地BLAST程序,以拟南芥HB基因为靶序列与葡萄全基因组蛋白序列进行比对。利用ExPASy预测葡萄HB基因家族蛋白理化性质,并使用MapGene2Chro定位染色体。基于邻近法,利用MEGA X软件构建葡萄和拟南芥HB基因家族成员系统进化树。同时使用TBtools软件分析HB家族成员基因结构、保守结构域及启动子顺式作用元件特征。采用MCScanX分析HB基因家族成员在葡萄与拟南芥之间的基因组共线性。基于已有的转录组数据,分析HB基因在芽休眠、果实发育和不同非生物胁迫下的表达情况。[结果]在葡萄基因组中共鉴定出80个HB基因家族成员,分布在18条染色体上,根据进化分析将其分为9个亚族。家族成员氨基酸数量为66~1772,相对分子质量为(8.28~198.55)×103,等电点为4.60~10.03,亚细胞定位预测其主要定位于叶绿体之中。基因结构分析发现,葡萄HB基因家族成员均包含外显子,数量为1~20个。葡萄HB基因家族存在2对串联重复基因和23对共线性基因,在拟南芥和葡萄间存在82对共线性基因对。启动子顺式作用元件分析表明,HB家族含有光响应元件、多种激素响应元件、逆境胁迫响应元件和组织特异性响应元件等。葡萄HB家族蛋白中KNOX与BEL亚家族成员间互作关系最为密切。通过葡萄HB基因家族的表达谱分析发现,绝大部分HB家族成员在芽休眠和干旱胁迫下有显著差异表达,并且还发现了7个HB家族成员可能参与芽休眠调控,其中VvHB9和VvHB34可参与多种非生物胁迫。[结论]本研究鉴定并分析了葡萄HB家族成员的基本信息,基于转录组数据,筛选了多个参与芽休眠调控和能够响应多种非生物胁迫的关键基因。 | 林艺灵 刘众杰 王子诚 杨毓贤 王令宇 张川 王晨 贾海锋 卢素文 房经贵 上官凌飞 | 2022 | 南京农业大学学报2022，45，6： | 0 |
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