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| 1 | 不同兔种遗传多样性与聚类分析显示文摘从NCBI数据库中下载来自不同国家的20个兔种135条序列,进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果显示来自美国的白尾兔遗传多样性最高,核苷酸多样性为0.292 70±0.101 57,单倍型多样性为0.964±0.077;来自墨西哥的黄喉兔核苷酸多样性最低,为0.002 55±0.000 80。中国兔种中,云南兔遗传多样性较低,核苷酸多样性与单倍型多样性分别为0.021 70±0.008 76和0.600±0.54;白尾兔种内及种间遗传距离较远,而黄喉兔与白尾兔之外的任何一个兔种遗传距离都较远,但种内遗传距离为0.000;从聚类图分析,草兔在大多数兔种群体中均有聚类,且都分布在A支系。说明黄喉兔遗传多样性贫乏,处于濒临灭绝的边缘;草兔地理分布范围广且数量众多;云南兔遗传多样性较低。 | 郝荣超 刘芳 王国华 杨国忠 | 2015 | 基因组学与应用生物学2015，34，4： | 4 |
| 2 | 基于线粒体基因的新疆三种野兔分类及遗传多样性显示文摘旨在利用分子遗传学方法探讨新疆3种野兔的系统发育关系和遗传多样性,以期明确其亲缘关系和分类地位,并评估其遗传多样性水平,为后续新疆野兔乃至中国野兔的保护遗传学等研究提供基础数据。本研究选用线粒体DNA的COI、ND4、16S rRNA 3个基因为分子标记,通过PCR扩增及测序技术分别测定采自新疆8个地区、4个地理组群共计57例野兔组织样本的3个基因序列,将序列校正拼接后用MEGA 7、DNAsp 6、Arlequin 3.1、MrBayes 3.2等软件进行数据分析。结果表明,将57例野兔样本的3个基因序列合并后共检测到43种单倍型,系统发育和中介网络图将相同及相邻地区的野兔划分为5个支系(Clade A-E)3大枝,且3大枝之间的遗传距离(4.21%~9.09%)均达到种间距离水平;其中,第3大枝中来自中部地区的野兔(Clade D)和新疆北部野兔(Clade E)的亲缘关系较近,二者之间的遗传距离≤2.26%,未达到种间遗传距离水平。新疆3种野兔中塔里木兔、藏兔帕米尔亚种和托氏兔西域亚种的单倍型多样性(h)较高,分别为0.979±0.014、0.972±0.064和0.972±0.064,而托氏兔西域亚种和中亚亚种的核苷酸多样性(π)较高,分别为0.033±0.018和0.023±0.015。基于线粒体3个基因的综合分析结果,结合已报道文献,本研究认为来自新疆西南部帕米尔高原的野兔应属于藏兔帕米尔亚种,支持将来自新疆北部阿勒泰及中部达坂城和托克逊地区的野兔分别划分为托氏兔西域亚种和托氏兔中亚亚种。新疆3种野兔具有丰富的遗传多样性和较明显的系统地理分布格局。 | 单文娟 代慧英 张玉琮 | 2020 | 畜牧兽医学报2020，51，10： | 2 |
| 3 | 运用多重PCR技术鉴定新疆喀什地区塔里木兔性别显示文摘塔里木兔是新疆重要的野生保护动物之一,而性别鉴定是开展野兔种群现状、群体遗传学和生态学研究的基础和前提工作.文章以新疆喀什地区85例未知性别的塔里木兔样本为研究对象,样本类型包括血液、肌肉、皮张等,通过改良的酚-氯仿法提取高质量的野兔基因组DNA,利用兔类SRY(Sex Determining Region Y)和APP(Amyloid Precursor Protein)基因的两对特异性引物,采用多重PCR的方法对其性别进行鉴定,成功鉴定出了43例雌性,42例雄性塔里木兔,雌雄比例为1.02∶1,说明了该地区塔里木兔性别比例平衡,野兔群体具有较强的繁殖潜力.本研究中的多重PCR方法可以对塔里木兔的性别进行快速、准确地鉴定,获得的实验结果可为今后塔里木兔的生物学研究和保护利用等提供基础数据. | 单文娟 张玉琮 徐艺玫 杨羽茜 代慧英 马衣努尔·吐尔孙 | 2020 | 新疆大学学报(自然科学版)2020，37，3： | 1 |
| 4 | 基于线粒体基因的新疆托氏兔遗传多样性和种群遗传结构评价显示文摘旨在利用线粒体基因测序方法评价新疆托氏兔的遗传多样性水平,并探究亚种间的遗传结构。本研究通过PCR扩增及测序技术,获得来自新疆北部、西北部以及中东部地区的共计78例新疆托氏兔线粒体DNA的CO1和D-LOOP基因序列,并采用生物信息学的方法进行数据分析。结果表明,78个新疆托氏兔样本的合并序列共定义了68种单倍型,新疆托氏兔的单倍型多样性(h=0.996±0.002)和核苷酸多样性(π=0.049±0.023)均较高;系统发育关系和单倍型中介网络图显示,本研究中的托氏兔样本被分成3个大枝(Clade A-C),其中Clade A和C包含绝大多数来自新疆北部和西北部组群的野兔,即托氏兔西域亚种,Clade B中的野兔绝大多数来自新疆中、东部地区,即托氏兔中亚亚种,除小部分样本较为混杂,其余样本的聚类情况与其分布范围和地理距离相吻合;AMOVA分析、Fst以及基因流结果显示,新疆托氏兔亚种间遗传分化较大、基因流较小,亚种内遗传分化相对较小、基因流相对较大。中性检验结果显示,新疆托氏兔群体Tajima`D值为1.075(P>0.05),Fu`s Fs为-15.100(P<0.01),核苷酸错配分布呈现多峰,EBSPs分析显示新疆托氏兔在距今大约0.01 Ma时发生过种群扩张。基于线粒体2个基因的综合分析结果表明,新疆托氏兔具有丰富的遗传多样性和较明显的系统地理分布格局;西域亚种的北部和西北部组群间存在较强的基因流和较小的遗传分化,但中亚亚种的中部和东部组群间出现了较大的分化,可能是由于较远的地理距离所致;此外,新疆托氏兔近期经历过种群扩张。 | 米热姑丽·麦麦提 周世玉 刘鹏 孟阳 聂文悦 滕培晨 单文娟 | 2022 | 畜牧兽医学报2022，53，1： | 1 |
| 5 | 东帕米尔高原地区藏兔群体遗传进化分析显示文摘旨在利用分子遗传学方法检测东帕米尔高原地区极端环境对当地藏兔群体的遗传多样性、遗传结构及遗传分化的影响,为帕米尔高原物种多样性和遗传多样性的保护提供研究资料。本研究通过PCR扩增及测序技术测定东帕米尔高原地区藏兔的线粒体CO1与ND4基因序列,使用相关生物信息学软件进行数据分析。结果表明,东帕米尔高原地区4个采样点37例藏兔样本的线粒体基因串联序列共检测到17种单倍型,总核苷酸多样性为(0.012±0.006),单倍型多样性为(0.935±0.021),均低于世界其他兔属物种如塔里木兔、欧兔,且海拔相对较高的藏兔群体的遗传多样性低于海拔相对较低的藏兔群体。ML树及中介网络图将全部藏兔分成3个枝Clade A-C,A枝中的样本包含了全部采样地的混合单倍型,B枝仅包含红其拉甫口岸的样本,C枝的样本在世界兔属物种系统发育树中与塔里木兔聚在一起。遗传分化方面,采样点中海拔最高的红其拉甫口岸地区的藏兔种群与其他地理种群间的分化程度最大,乌恰县与阿克陶县两个地理种群间分化程度最小且基因流最大。结合前人的研究成果,本研究结果显示,生活在东帕米尔高原地区的藏兔遗传多样性较低,且未呈现出较强的系统地理分布格局;红其拉甫口岸的藏兔受高原极端环境影响,在线粒体基因水平上与其他藏兔存在一定程度的分化,可能形成了不同的生态型;并且在部分藏兔样本中发现了与塔里木兔线粒体基因渗透现象。 | 周世玉 米热姑丽·麦麦提 刘鹏 孟阳 聂文悦 滕培晨 单文娟 | 2022 | 畜牧兽医学报2022，53，3： | 0 |
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