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| 1 | One-step high-efficiency CRISPR/Cas9-mediated genome editing in Streptomyces显示文摘编辑技术 CRISPR 的指导 RNA 的 DNA 定期聚类 interspaced 短 palindromic repeats/Cas9 被用来介绍双 stranded 闯入染色体并且在细菌指导随后的地点特定的插入 / 删除或基因材料的代替例如 Escherichia coli,链球菌肺病,和乳杆菌 reuteri。在这研究,我们建立了在 Streptomyces 基因操作为使用编辑 plasmid pKCcas9dO 的一个高效率的 CRISPR/Cas9 染色体,它包括目标特定的指南 RNA,优化 codon 的 cas9,和二个指导相同的修理模板。由交付编辑 plasmids 进模型紧张 Streptomyces coelicolor M145 的 pKCcas9dO 系列,通过一步舞 intergeneric 转移,我们完成了与60%100%的高效率在不同层次编辑的染色体,包括单个基因删除,例如 actII-orf4 ,整顿,和 glnR ,并且单个大尺寸的基因簇删除,扮演 21.3 kb , undecylprodigiosin 红 31.6 kb ,和 Ca 2+-dependent 抗菌素例如 actinorhodin 的抗菌素 biosynthetic 簇 82.8 kb 。而且,我们也分别地与 54% 和 45% 的高效率认识到 actII-orf4 和整顿,并且 ACT 和红 biosynthetic 基因簇的同时的删除。最后,我们使用了这个系统介绍核苷酸点变化进 rpsL 基因,它与抵抗授与异种到链球菌。用这个系统,显著地,为一个轮染色体修正要求的时间被三分之一个减少或为常规方法的那些的一个一半。这些结果清楚地显示实质地编辑系统的确定的 CRISPR/Cas9 染色体改进与当前存在的方法相比编辑效率在的染色体 Streptomyces,和它在另外的放线菌种类为申请有诺言到染色体修正。 | He Huang Guosong Zheng Weihong Jiang Haifeng Hu Yinhua Lu | 2015 | Acta Biochimica et Biophysica Sinica2015，47，4： | 37 |
| 2 | 构建CRISPR-Cas9介导的耻垢分枝杆菌基因组高效删除系统显示文摘【背景】耻垢分枝杆菌具有生长迅速和非致病性的特点,可作为结核分枝杆菌致病机理研究替代菌株和类固醇激素生产的工程菌,但目前耻垢分枝杆菌中缺乏高效率的基因组敲除方法。【目的】基于CRISPR-Cas9介导的定点、高效的DNA切割能力,构建耻垢分枝杆菌染色体DNA片段无痕敲除系统。【方法】构建了包含四环素诱导型启动子驱动的密码子优化的cas9基础载体pCas9101,在双侧同源臂长度约为1 kb条件下选用合适的gRNA表达模块,分别测试了对耻垢分枝杆菌mc2155染色体上的3β-羟基类固醇脱氢酶基因(MSMEG_5228,1 071 bp)和胆固醇降解基因簇(MSMEG_5990-MSMEG_6043,约48kb)敲除效率,使用相同大小的同源臂以经典p2NIL-pGOAL方法进行对照,并计算效率。【结果】使用CRISPR-Cas9方法对耻垢分枝杆菌mc2155的3β-羟基类固醇脱氢酶基因敲除效率为22%,胆固醇降解基因簇敲除效率也达到18%,两者连续敲除效率为4%。但对照p2NIL-pGOAL方法未能获得目标DNA片段敲除的菌株。【结论】本文建立的基于CRISPR-Cas9的耻垢分枝杆菌基因组无痕敲除系统显示出较高的敲除效率,该方法可为耻垢分枝杆菌后续研究提供快速高效的基因组操作方法。 | 邢述永 路志群 夏海洋 邓自发 王兆慧 周蓉 陈艳红 | 2018 | 微生物学通报2018，45，12： | 2 |
| 3 | 利用基因工程定向阻断尼莫克汀工业生产菌株中多个杂质组份的生物合成显示文摘目的通过基因工程定向改造尼莫克汀(nemadectin)产生菌蓝灰链霉菌(Streptomyces cyaneogriseus subsp.noncyanogenus),以阻断除主要杂质组分合成,提高有效组分产量。方法通过构建和筛选蓝灰链霉菌的基因组文库,获得了与LL-F28249ω合成相关的基因nolB。在蓝灰链霉菌的工业生产菌株NS1-8中连续删除尼莫克汀合成途径的nemD基因和类似寡霉素合成途径的nolB基因,获得了突变株NM-10。结果发酵检测产物表明,NM-10突变株产生活性组分LL-F28249α产量(1312mg/L)高于出发工业菌株NS1-8(1030mg/L),且不再产生LL-F28249γ、LL-F28249λ和LL-F28249ω等3个结构类似的杂质组份。结论 nemD和nolB基因连续敲除可用于改造产尼莫克汀蓝灰链霉菌工业产生菌,降低非有效组分含量并提高产量。 | 党福军 夏海洋 覃重军 | 2014 | 中国抗生素杂志2014，39，8： | 1 |
| 4 | Development of a vector and host system and characterization of replication of plasmid pSQIO in moderately halophilic Nocardiopsis显示文摘Nocardiopsis 的类是抗菌素,化学药品,和酶的新来源。这里,我们报导了向量和主人系统的发展在中等经由一种调停 oriT 的变化形式的 halophilic Nocardiopsis。由屏蔽大约 80 个 Nocardiopsis 种类,他们中的 6 个怀有 8 plasmids (1880 kb ) 。pSQ10 的完全的核苷酸顺序由 18,219 bp 组成了,与 71.9%G + C 内容,编码 17 个开的读物框架,他们中的 5 个 Streptomyces plasmids 类似于那些。一个 rep 地点(在基因以内的 iteron ) 在 Nocardiopsis sp 为复制被识别。YIM 90083,和 rep 蛋白质跳了到它的 iteron 顺序。这个系统可能为基因在 Nocardiopsis 克隆和表示是有用的。 | Ana Zeng Tao. Wang Haiyang Xia Shiyuan Peng Weihua Chen Chenglin Jiang Lihua Xu Li Zhong Meijuan Shen Zhongjun Qin | 2011 | Acta Biochimica et Biophysica Sinica2011，43，9： | 1 |
| 5 | 一种适用于链霉菌异源合成基因簇同框缺失的高效方法显示文摘【背景】对抗生素生物合成途径的阐明有助于提高目标化合物的产量并开发具有更高活性的新化合物。基因的同框缺失是天然产物生物合成研究的常规手段,通过分析突变菌株积累的中间产物,可以帮助推导天然产物的合成途径及相关基因的功能。天然产物生物合成基因簇的大小一般在20 kb以上,对每个基因进行同框缺失耗时耗力,因此,优化链霉菌来源的基因同框缺失的方法有重要的意义。【目的】基于PCR-targeting重新设计了一套在链霉菌柯斯文库质粒上进行基因同框缺失的方法,实现链霉菌基因在大肠杆菌中快速、高效的基因同框缺失的技术体系。【方法】使用氨苄青霉素抗性基因bla作为PCR-targeting DNA片段的筛选标记,同时使用体外的Pac I酶切和酶连系统代替体内的Flp/FRT系统来介导同框缺失的构建。【结果】利用这种方法,在6 d内完成了米多霉素生物合成基因簇中14个基因的同框缺失。【结论】此方法与传统的PCR-targeting方法相比,构建同框缺失载体的效率明显提高;Pac I识别序列在链霉菌基因组上的稀有性使得此方法在构建抗生素生物合成基因簇必需基因的同框缺失载体上具有普适性。 | 林琛 罗祥坤 邓子新 贺新义 | 2022 | 微生物学通报2022，49，9： | 0 |
| 6 | 在东方拟无枝酸菌中建立I-SceI内切酶介导的无标记敲除系统显示文摘目的在东方拟无枝酸菌中建立由I-Sce I介导的无标记高效重组系统。方法首先构建可用于东方拟无枝酸菌的I-Sce I操作盒,通过敲除多烯类化合物ECO-0501合成相关基因hem A2,比较操作盒使用前后获得hem A2基因双交换突变株的效率。结果在没有引入I-Sce I的情况下,随机重组的发生几率仅约2%,而导入后,由于I-Sce I酶对引入DNA位点的双链切割,导致双交换重组的发生率提高至90%以上。结论 I-Sce I系统是一种可用于东方拟无枝酸菌无标记遗传操作的有效工具。 | 朱丽 饶敏 罗敏玉 | 2015 | 中国抗生素杂志2015，40，5： | 0 |
| 7 | 链霉菌无痕敲除方法研究进展显示文摘链霉菌是革兰氏阳性放线菌,能产生大量具有重要价值的天然代谢产物。随着基因测序技术、分子生物学和合成生物学的不断发展,人类对链霉菌家族有了更深的了解,从分子水平对其基因组进行改造的手段也越来越多。通过对链霉菌基因组合理、高效的精简,将提高链霉菌代谢产物的产量和质量,降低底物原料的消耗量。无痕敲除就是开展此项研究工作的重要手段。文章综述了近年来在链霉菌中广泛使用的分子操作方法并重点对链霉菌无痕敲除方法进行了总结。 | 谷燕燕 耿伟涛 宋存江 | 2013 | 生物工程学报2013，29，8： | 0 |
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