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| 1 | 被子植物叶绿体基因组的结构变异研究进展显示文摘叶绿体是绿色植物特有的细胞器,其基因组信息被广泛应用于植物系统发育和比较基因组学研究。目前,越来越多的物种有了叶绿体全基因组序列,人们对叶绿体基因组的结构及其变异规律有了更深入的了解。该文对近年来国内外有关被子植物叶绿体基因组插入/缺失、短片段倒位与重复、基因组结构重排以及基因丢失等结构变异式样的研究进展进行综述,并分析了叶绿体基因组结构研究中仍存在的问题以及该领域未来的发展趋势。 | 王玲 董文攀 周世良 | 2012 | 西北植物学报2012，32，6： | 40 |
| 2 | 十字花科植物叶绿体基因组结构及变异分析显示文摘该研究比较了十字花科22个属22个物种的叶绿体基因组,以揭示十字花科叶绿体基因组的一般特征和变异特征。结果发现:(1)基因组大小为150kb左右,不同植物的叶绿体基因组之间存在1~5kb的差异,基因组大小的差异主要是大单拷贝(LSC)长度的差异引起的。(2)十字花科物种基因顺序基本一致,未检测到基因的重排和倒置事件。(3)trnY、trnG、ycf15、rps16基因在一些物种中发生丢失,petB、petD内含子序列也在个别物种内丢失。(4)基因组的4个边界相对保守,反向重复区a-大单拷贝区(IRa-LSC)边界处于rps19基因上,反向重复区a-小单拷贝区(IRa-SSC)边界在所有物种中均位于ycf1基因中,但是rps19和ycf1在边界两侧的长度具有差异,反向重复区b-小单拷贝区(IRb-SSC)边界在大部分物种中位于ycf1假基因和ndhF基因的重叠区内,而在庭荠(Alyssum desertorum)、小花南芥(Arabis alpina)2个物种中发生了改变,分别位于ycf1假基因和ndhF基因内。(5)29个蛋白编码基因长度发生变化,基因长度的变异来源于基因内含子或者编码区长度的改变,ycf1基因长度在3个物种中发生了大片段的缺失,部分基因长度的变化具有明显的系统发育信号。(6)基于叶绿体基因组数据构建的系统发育树具有较好的分辨率,各个进化分支具有较高的支持率。研究结果表明,利用叶绿体基因组数据可以为解决进化较快、系统发育分辨率低的植物类群的系统分类和系统发育关系提供更有力的证据。 | 李岩 吕光辉 张雪妮 何学敏 | 2017 | 西北植物学报2017，37，6： | 15 |
| 3 | 基于叶绿体基因组全序列分析真叶植物叶绿体基因的适应性进化显示文摘真叶植物包括蕨类、裸子植物和被子植物。迄今已积累有较为丰富的真叶植物叶绿体基因组全序列数据。选取了29种真叶植物的叶绿体基因组全序列,采用PAML软件基于位点间可变ω模型,分别分析了蕨类、裸子植物和被子植物叶绿体基因的适应性进化。结果显示:①蕨类、裸子植物和被子植物各有6.5%、7.5%和19.2%的叶绿体基因受正选择作用;被子植物经历正选择的叶绿体基因明显比蕨类和裸子植物为多;②被正选择作用的叶绿体基因主要是遗传系统和光合系统基因,它们的编码产物涉及叶绿体蛋白质合成、基因转录、能量转化与调节及光合作用等过程。推测叶绿体功能基因可能在真叶植物对陆生生态环境的适应过程中起着重要作用。 | 王博 高磊 苏应娟 王艇 | 2012 | 中山大学学报(自然科学版)2012，51，3： | 9 |
| 4 | 木犀科植物叶绿体基因组结构特征和系统发育关系显示文摘木犀科11属19个种叶绿体基因组的一般特征和变异特征的比较分析显示,结果表明,该科叶绿体基因组大小为154–165kb,其差异主要是大单拷贝(LSC)长度的差异所致。Jasminum属3个物种的叶绿体基因组长度与其余物种有较大差异,该属clpP基因内含子和accD基因丢失。共线性分析表明, Jasminum属3个物种多个基因出现基因重排现象,倒位可能是重排的主要原因。Jasminum属在IRb/SSC和SSC/IRa边界的基因均与其它物种不同;重复序列与SSR数量检测结果表明,Jasminum属与其余物种在数量及重复长度上差异较大。基于CDS数据构建的系统发育树表明, Abeliophyllum distichum和Forsythia suspensa为木犀科中较早分化的类群。 | 赵月梅 杨振艳 赵永平 李筱玲 赵志新 赵桂仿 | 2019 | 植物学报2019，0，4： | 8 |
| 5 | Plant phylogenomics based on genome-partitioning strategies:Progress and prospects显示文摘The rapid expansion of next-generation sequencing(NGS) has generated a powerful array of approaches to address fundamental questions in biology. Several genome-partitioning strategies to sequence selected subsets of the genome have emerged in the fields of phylogenomics and evolutionary genomics.In this review, we summarize the applications, advantages and limitations of four NGS-based genomepartitioning approaches in plant phylogenomics: genome skimming, transcriptome sequencing(RNAseq), restriction site associated DNA sequencing(RAD-Seq), and targeted capture(Hyb-seq). Of these four genome-partitioning approaches, targeted capture(especially Hyb-seq) shows the greatest promise for plant phylogenetics over the next few years. This review will aid researchers in their selection of appropriate genome-partitioning approaches to address questions of evolutionary scale, where we anticipate continued development and expansion of whole-genome sequencing strategies in the fields of plant phylogenomics and evolutionary biology research. | Xiangqin Yu Dan Yang Cen Guo Lianming Gao | 2018 | Plant Diversity2018，40，4： | 6 |
| 6 | Chloroplast phylogenomics resolves key relationships in ferns显示文摘蕨纲植物和 lycophytes 的叶绿体染色体上的研究是相对种子植物上的与那些比较的很少。尽管现存蕨纲植物的一个基本种系发生的框架是可得到的,在一些关键节点之中的关系仍然保持未解决或糟糕支持。这研究的主要目的是在在蕨纲植物解决困难的深节点探索大叶绿体基因数据的种系发生的用途。我们从 Cyrtomium devexiscapulae (Koidz ) 定序叶绿体染色体京族(eupolypod 我) 并且 Woodwardia unigemmata (Makino ) Nakai (eupolypod II ) ,并且基于 48 基因和 64 基因构造了蕨纲植物的发展史。树在拓扑学基于 48 基因和 64 基因是相同的,仅仅在为四个节点,其三个显示出为 48 基因数据集的更高的支持值的支持值不同。木贼属 L。作为姐妹被解决到 Psilotales-Ophioglossales clade,并且 Equisetales-Psilotales-Ophioglossales clade 是到 leptosporangiate 和 marattioid 蕨纲植物的 clade 的姐妹。在树蕨纲植物 clade 和 polypods 之间的姐妹关系被 82% 支持并且百分之百自举在 64 基因和 48 基因树的价值分别地。在多足的蕨纲植物以内, Pteridaceae 与高支持价值是到 Dennstaedtiaceae 和 eupolypods 的 clade 的姐妹,并且 Dennstaedtiaceae-eupolypods 的关系强烈被支持。与在用原子数据的蕨纲植物的 phylogenetics 的最近的平行进展,叶绿体 phylogenomics 在为在蕨纲植物的早进化测试 reticulate 进化的影响提供一个框架显示出大潜力。 | Jin-Mei Lu Ning Zhang Xin-Yu Du Jun Wen De-Zhu Li | 2015 | Journal of Systematics and Evolution2015，53，5： | 6 |
| 7 | Exploring the plastid genome disparity of liverworts显示文摘Sequencing the plastid genomes of land plants provides crucial improvements to our understanding of the plastome evolution of land plants. Although the number of available complete plastid genome sequences has rapidly increased in the recent years, only a few sequences have been yet released for the three bryophyte lineages, namely hornworts, liverworts, and mosses. Here, we explore the disparity of the plastome structure of liverworts by increasing the number of sequenced liverwort plastomes from five to 18. The expanded sampling included representatives of all major lineages of liverworts including the genus Haplomitrium. The disparity of the liverwort genomes was compared with other 2386 land plant plastomes with emphasis on genome size and GC‐content. We found evidence for structural conservatism of the plastid genomes in liverworts and a trend towards reduced plastome sequence length in liverworts and derived mosses compared to other land plants, including hornworts and basal lineages of mosses. Furthermore, Aneura and Haplomitrium were distinct from other liverworts by an increased GC content, with the one found in Haplomitrium only second to the lycophyte Selaginella. The results suggest the hypothesis that liverworts and other land plants inherited and conserved the plastome structure of their most recent algal ancestors. | Ying Yu Hong-Mei Liu Jun-Bo Yang Wen-Zhang Ma Silvia Pressel Yu-Huan Wu Harald Schneider | 2019 | Journal of Systematics and Evolution2019，57，4： | 0 |
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