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| 1 | 淅川乌骨鸡全基因组转座子的鉴定与分析显示文摘【目的】通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。【方法】对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。【结果】经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部。GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路。着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等。【结论】转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性。转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究。 | 李东华 付亚伟 张晨曦 曹艳芳 李文婷 李转见 康相涛 孙桂荣 | 2020 | 中国农业科学2020，53，7： | 3 |
| 2 | 以J亚型禽白血病病毒LTR为启动子的真核表达载体构建显示文摘为构建以J亚型禽白血病病毒(ALV-J)的LTR元件为启动子的真核表达载体,本研究将ALV-J LTR克隆至pBluescript II SK(+)载体中,并在5'LTR和3'LTR之间分别插入报告基因(eGFP)和新城疫病毒(NDV)的NP基因,得到重组质粒pSK-LTR-GFP和pSK-LTR-NP。将上述重组质粒分别转染293T细胞、BHK-21细胞和鸡胚成纤维细胞(CEF),应用RT-PCR、western blot和荧光显微镜检测目的基因的表达。结果表明,无论是在哺乳动物细胞(BHK-21和293T)还是在禽原代细胞中,LTR均能够启动外源基因(eGFP和NP)良好转录和表达。流式细胞技术分析显示,报告基因在293T细胞中的表达在48 h达到峰值。本研究为利用ALV-J LTR元件构建输送或表达外源基因的质粒载体奠定了基础。 | 王蓓 陈宗艳 李传峰 孟春春 王桂军 刘光清 | 2013 | 中国预防兽医学报2013，35，10： | 0 |
| 3 | BWEL-SPF鸡基因组内源禽白血病病毒基因插入位点识别和验证显示文摘为了探究生物信息学软件识别禽白血病病毒E(Avian leukosis virus subgroup E, ALVE)基因插入位点的准确性,试验采用obsERVer流程和位点特异性PCR方法,测定了3只BWEL-SPF鸡全基因组测序数据中的ALVE基因插入位点,并验证了obsERVer流程预测的准确性。结果表明:在3只BWEL-SPF鸡中共识别到4个ALVE基因插入位点,分别为ALVE1、ALVE3、ALVE9和ALVE15;插入位点上下游序列存在规律性,是由6个碱基的基序构成的重复序列;并且这4个插入位点均可以通过位点特异性PCR方法验证,吻合率为100%。说明obsERVer流程可以准确预测测序数据中的ALVE基因插入位点,在BWEL-SPF鸡中存在多个ALVE基因插入位点。 | 王梓一 袁一铭 连玲 | 2023 | 黑龙江畜牧兽医2023，，7： | 0 |
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