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| 1 | 基因生物信息学的脓毒症潜在发病机制研究及生物标记物筛选显示文摘目的:全方位了解脓毒症发生发展机制,从而筛选相关核心基因,为临床治疗脓毒症提供新靶点。方法:从基因表达数据库(GEO)中获取GSE28750芯片数据,使用GCBI在线实验室筛选出差异表达基因,分别使用基因本体论分析(GO分析)、代谢通路分析(pathway分析)、基因信号网络分析、共表达分析对所获得基因进行分析。结果:与对照组相比,脓毒症组共获得2 457个差异表达基因,其中上调基因1 282个、下调基因1 175个;差异表达基因主要涉及免疫反应、细胞分化、血液凝固等方面;pathway分析发现核心信号通路主要涉及物质代谢、信号转导、抗感染等方面;基因信号网络分析发现核心基因为:GNAI3、PIK3CB、MAPK14、IL8;共表达网络分析推测核心基因为GYG1、SERPINB1、SAMSN1、ATP11B。结论:生物信息学有助于全面深入研究疾病发生机制,筛选可能的核心靶点,为临床治疗脓毒症提供参考。 | 王海清 左文 陈睦虎 胡迎春 杨蕊萍 钟武 | 2018 | 西南医科大学学报2018，41，1： | 7 |
| 2 | 领域数据库的FAIR原则实践——以生物信息学为例显示文摘文章深化国内外领域数据库的FAIR原则实践研究,奠定进一步开展科学数据的管理工作布局与实践基础,为不同学科领域的数据开放路径提供支持。采用文本分析法对国内外11个生物信息学领域数据库的介绍文献内容进行编码,探索其FAIR原则实践进展。通过分析生物信息学领域数据库的可发现、可访问、可互操作和可重用的FAIR原则实践,发现FAIR原则在生物信息学领域的数据实践研究中存在管理与应用两方面的不足。建议在后续FAIR原则实践中,生物信息学领域数据库应创新设计和规范管理标准,丰富领域数据相关描述,遵循通用且符合FAIR原则的数据库规定,实现领域中各数据库平台的互联互通,提高数据开放共享水平。 | 戚筠 何琳 | 2023 | 图书馆论坛2023，43，5： | 2 |
| 3 | 基于Solexa平台高通量测序数据的分析与处理流程研究显示文摘第二代测序技术的诞生为生物信息学研究带来了前所未有的机遇,同时也对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前针对第二代测序数据的分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的功能,如何正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。本文基于新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据,构建了一套完整的数据处理和分析流程,实现对测序数据有效分析和处理。对数据处理过程中所用的软件和方法做了全面综述,并对生物信息数据处理研究中存在的难题做了进一步展望。 | 刘永波 曹艳 雷波 唐江云 胡亮 | 2015 | 农业网络信息2015，，12： | 1 |
| 4 | 不结球白菜热激蛋白BcHSP81-4基因原核表达及生物信息学显示文摘从不结球白菜Pol_CMS胞质不育系SSH差减文库中得到1条热激蛋白基因的EST序列,通过对该基因的NCBI网上BLAST比对发现,与热激蛋白的同源性最高,与拟南芥HSP81-4(AT5G56000)同源性高达96%,命名为BcHSP81-4。将BcHSP81-4基因片段连接到原核表达载体PGEX-4T-3,转化大肠杆菌BL21(DE3)后诱导重组蛋白的表达。经IPTG诱导后进行SDS-PAGE电泳,产生了预期大小的重组蛋白,进一步证明了该基因属于热激蛋白90家族。并采用生物信息学方法,利用多种在线软件对不结球白菜热激蛋白BcHSP81-4的理化性质、亲水性、跨膜区、亚细胞定位及蛋白质结构进行预测和分析。理化性质分析结果显示,该蛋白质含699个氨基酸,分子量为80 050,理论等电点pI值为4.95。TMpred跨膜分析结果显示,它含有1个显著的跨膜螺旋区,这个区域与ProtScale预测的疏水区基本对应。用TargetP server和WOLFPSORTserver程序预测该蛋白质为细胞质蛋白质,二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。 | 刘同坤 李英 王枫 孙菲菲 张蜀宁 侯喜林 | 2011 | 江苏农业学报2011，27，3： | 1 |
| 5 | HIV转录激活复制过程中差异表达LncRNA和mRNA筛选及初步分析显示文摘目的探讨长链非编码LncRNA和mRNA在人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)转录激活过程中的表达情况。方法从公共数据平台Gene Expression Omnibus(GEO)下载HIV相关LncRNA+mRNA基因芯片数据集GSE74818。对其中感染时间在18h和30h的芯片探针进行重新分析,筛选出HIV从整合到基因组中到转录形成成熟病毒这一过程中差异表达的LncRNA和mRNA。采用R软件Limma包分析LncRNA和mRNA基因表达谱。结果从经过归一化、过滤和去除重复探针后筛选出1 366个差异表达基因,其中LncRNA 297个,mRNA 1 069个。LncRNA中表达上调的有188个,表达下调的有109个。mRNA表达上调的有530个,有539个表达下调。对差异表达的mRNA进行GO基因富集分析发现,在生物学过程中:主要富集在核小体、染色质组装、核小体组织、负性正性基因表达调控、表观遗传、染色质沉默等条目中;在细胞组分过程中:主要富集在核染色质、蛋白-DNA复合物、核小体、DNA包装复合物等条目中;在分子功能过程中:主要富集在蛋白异二聚体激活、核小体DNA结合条目中。KEGG pathway富集分析结果显示:差异表达的mRNA主要富集在系统性红斑狼疮、类固醇生物合成、酒精中毒、病毒致肿瘤、P53信号通路等中。结论 HIV从整合到基因组到形成成熟病毒这一过程中存在LncRNA和mRNA的差异表达,差异表达的RNA主要涉及到基因的转录调控过程和免疫通路调控过程。 | 邵冰 邵弘 杜娟 宋波 台志艳 林元龙 迟宗 杨颜泽 王福祥 | 2018 | 中国病毒病杂志2018，8，5： | 1 |
| 6 | 高端软件国产化之殇显示文摘无论是曾经被寄予厚望挑战微软Office垄断,被冠以'微软麻烦的制造者',作为国产基础软件的佼佼者,甚至是作为唯一的软件产品,与'神舟五号'等其他对国家经济和科技发展具有重大影响的项目一起,被列入'建国55周年55个新第一'的无锡永中科技;还是7.23温甬铁路特大交通事故所热议的那样有关软件自主化,关乎国产装备高端软件设备可行性,以至是否充分吸收了国外相关企业先进技术经验而实现国产化真实性的大讨论大调查大追究;无论是生物基因产业普遍的,由诸如美国国立卫生研究院全国生物技术研究中心(NCBI)、欧洲生物信息学研究所(EBI)、瑞士生物信息研究所和欧洲生物信息学研究所(SIB)、日本信息生物学中心(CIB)这些基因教父们把持着的基因测序产业的最新信息,建立基因信息一级数据库和高端分析软件,从事基因信息认定产业,垄断新基因公开发布渠道以致霸权在握,压得中国基因企业喘不过气来的现实;还是,高端医疗设备市场长期以来被国外为数不多的几家公司常年把持,所依靠的并不是看得见摸得着的机械设备等先进工艺,而是隐藏在设备之内,为防止技术外泄往往连专利都不去申请的,作为企业最重大的商务价值来保护的,就好像这个技术不存在,但却是企业的核心技术秘密的高端软件技术的现实。 | 本刊编辑部 章勇 李海毅 赵明强 季宸东 | 2011 | 中国科技财富2011，，17： | 0 |
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