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| 1 | 笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析显示文摘对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。 | 刘楚吾 徐田军 刘丽 郭昱嵩 董秋芬 | 2009 | 海洋与湖沼2009，40，5： | 10 |
| 2 | 军曹鱼线粒体DNA全序列与鲹鱼宗系的系统进化显示文摘通过长距PCR法测得军曹鱼(Rachycentron canadum)全长16758 bp的mtDNA基因组全序列(GenBank登录号:FJ154956和NC_011219),结构组成与其他硬骨鱼类基本一致。Blast获取GenBank数据库的高相似度(score=10055—30213)全序列数据,运用最大简约法、邻位连接法、最大似然法和贝叶斯法重建了军曹鱼与其他鱼类的系统发育关系,并采样用松散分子钟(Uncorrected relaxed lognormal clock)对军曹鱼的起源时间进行了估算,结果表明:(1)军曹鱼与鲯鳅科的亲缘关系较参与分析的其他鱼类更为密切(后验概率为0.997),推测军曹鱼大约起源于56百万年(Million years ago,Ma)前的古新世塔内特阶(Thanetian)时期;(2)军曹鱼科、鲯鳅科和印鱼科聚为一支,但其置信度较低(后验概率为0.593),且丝帆鱼科、鲹科分别与鲭科和鲀科鱼类聚为不同分支,因此不支持鲹鱼宗系(Carangoid lineage)为单系群。 | 王中铎 郭昱嵩 刘楚吾 刘筠 | 2011 | 水生生物学报2011，35，2： | 3 |
| 3 | 翘嘴鳜线粒体基因组全序列的克隆与特征分析显示文摘通过直接测序的方法获得翘嘴鳜线粒体DNA基因组全序列(GenBank:JF972568)。翘嘴鳜线粒体基因组全长为16 496 bp,其包含13个编码蛋白基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个Control region区域。整个翘嘴鳜线粒体DNA利用率非常高,仅仅只有32 bp的基因间隔和35 bp的基因重叠。翘嘴鳜线粒体的编码蛋白基因具有明显的A+T偏好性,同时整个基因组中G碱基含量非常低,仅有16.2%。翘嘴鳜线粒体基因起始密码子以ATG为主,但终止密码子却呈现多样性。翘嘴鳜22个tRNA基因只有tRNA-leu(UUR、CUN)和tRNA-Ser(UCN、AGY)有2个密码子,22个tRNA按位置可分为3个基因簇(IQM、WANCY、HSL)。翘嘴鳜rRNA的位置和大小与其他鱼类相似,D-Loop区域具有明显的A+T碱基偏好性。翘嘴鳜线粒体全序列的克隆对进一步确定鳜类分类地位和多样性保护具有重要意义。 | 陈敦学 李玉珑 宾石玉 农小献 刘希良 成嘉 张建社 褚武英 | 2011 | 广西师范大学学报(自然科学版)2011，29，4： | 2 |
| 4 | 紫红笛鲷线粒体全序列与笛鲷属鱼类分化年代的贝叶斯分析显示文摘利用常规PCR未纯化产物直接测序的方法,获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)全长为16 543 bp线粒体DNA全序列,GenBank登录号为JN182927。结合GenBank中的已有数据比较分析表明:紫红笛鲷与笛鲷属(Lutjanus)线粒体基因组成基本一致,符合脊椎动物的特征,各基因间进化速率差异显著;13个蛋白编码基因拼接序列贝叶斯建树的后验率显著高于单基因或全序列,更适用于笛鲷属的贝叶斯法系统分化分析和年代推断;13个蛋白编码基因及其拼接序列进行的系统进化分析均支持紫红笛鲷与勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)及海鸡母笛鲷(Lutjanus rivulatus)亲缘关系较近;基于13个蛋白编码基因拼接序列的贝叶斯松散分子钟推算出笛鲷属鱼类两个主要支系大约在61.5Ma前古新世的达宁阶与蒙蒂阶交界时期发生分化。 | 廖杰 王中铎 郭昱嵩 刘楚吾 | 2013 | 海洋科学2013，37，1： | 2 |
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