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| 1 | 甜荞叶绿体基因密码子偏爱性分析显示文摘本研究利用软件Codon W、CUSP和SPSS对甜荞43条叶绿体基因序列进行密码子偏爱性分析和对应性分析,获得CG、ENC、RSCU等参数,并把甜荞和马铃薯、陆地棉、水稻、小麦等植物进行聚类分析。碱基组成结果显示,CG3明显低于CG_1和CG_2,说明甜荞叶绿体基因密码子偏爱A或T结尾。中性绘图分析、ENC与CG_(3s)相关性分析以及对应性分析表明,密码子偏爱性主要受选择作用的影响,但存在部分功能基因(如光合系统基因)主要受突变作用调控。基于RSCU的聚类分析表明,甜荞既不属于单子叶植物,又异于其他双子叶植物,其叶绿体基因密码子用法比较特殊。以上述为基础,我们确定了甜荞叶绿体的14个最优密码子。该研究成果可为进一步确定甜荞在植物分类学中的位置奠定基础,从而对现有的系统发育树进行重要补充。此外,该结果对甜荞叶绿体中某些未知功能基因的预测、发现新基因、提高以甜荞为目的宿主的外源基因的表达量都具有重要意义。 | 罗洪 胡莎莎 吴琦 姚慧鹏 | 2015 | 基因组学与应用生物学2015，34，11： | 32 |
| 2 | 茄腐镰孢(Fusarium solani)线粒体基因组密码子偏好性分析显示文摘密码子使用偏好性作为功能基因组重要的进化特征而被广泛报道,但是有关真菌线粒体基因组密码子使用偏好性的研究相对较少。本试验以茄腐镰孢线粒体基因组为研究对象,运用Codon W软件及RSCU在线软件对所筛选到的22条编码基因密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数、同义密码子使用频率和最优密码子进行了分析。同时,确定了茄腐镰孢线粒体基因组的最优密码子,并探讨了影响密码子偏性形成的相关因素。分析结果表明,茄腐镰孢线粒体密码子3位的GC含量为GC1(32.7%)>GC2(28.0%)>GC3(19.7%),第3位GC含量明显小于第1、2位,表现出对以A或者T结尾的密码子发生较强烈的偏向使用;且确定的21个最优密码子中有20个以A或者T结尾。通过中性绘图及ENC分析得出茄腐镰孢线粒体基因组密码子的使用偏好受到选择作用和突变压力的共同影响,选择作用为主要影响因素。 | 李秀璋 宋辉 李春杰 | 2015 | 基因组学与应用生物学2015，34，11： | 10 |
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