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| 1 | 基于组学研究的细粒棘球绦虫分泌蛋白组预测与分析显示文摘目的 在组学水平高通量、系统地预测及筛选细粒棘球绦虫的分泌蛋白组,研究分泌蛋白及其信号肽特征,为后续诊断和疫苗相关抗原(簇)研究奠定基础. 方法 利用SignalP4.1对细粒棘球绦虫全基因组蛋白序列进行信号肽预测,对含有信号肽的蛋白依次应用生物信息学软件TMHMMv2.0、Phobius、Big-PI predictor及TargetP1.1进行细粒棘球绦虫经典分泌蛋白质组筛选.随后利用LipoP1.0和TatP1.0分析分泌蛋白信号肽酶切位点类型,用SPSS19.0统计归纳信号肽和分泌蛋白的氨基酸序列特征,Blast2GO对分泌蛋白质组进行基因本体(gene ontology,GO)注释与聚类. 结果 在细粒棘球绦虫14 235条全基因组序列所编码的蛋白中,共发现984条含有信号肽的蛋白序列;其中有363条属于膜结合蛋白,另有25条定位于亚细胞器;最终筛选到596条经典分泌蛋白序列.分泌蛋白质组的信号肽长度集中于15~ 31个氨基酸残基,其中疏水性氨基酸含量为62%,主要被Ⅰ型信号肽酶所识别,且酶切位点在-3及-1位相对保守;分泌蛋白氨基酸含量集中于50~ 700个氨基酸残基,小于非分泌蛋白氨基酸含量(t=3.06,P<0.01);GO分析显示分泌蛋白主要参与新陈代谢、细胞过程、调节和发育等生物过程,并行使催化、结合、抗氧化和酶调节功能. 结论 本研究预测筛选到含有596条蛋白序列的细粒棘球绦虫分泌蛋白组,可用于后续的诊断和疫苗相关抗原筛选研究. | 贾利芳 沈海默 徐斌 张颋 胡薇 | 2014 | 国际医学寄生虫病杂志2014，41，3： | 2 |
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