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1Gossypol: phytoalexin of cotton显示文摘Sesquiterpenoids are a class of 15-carbon secondary metabolites that play diverse roles in plant adaptation to environment.Cotton plants accumulate a large amount of sesquiterpene aldehydes(including gossypol)as phytoalexins against pathogens and herbivores.They are stored in pigment glands of aerial organs and in epidermal layers of roots.Several enzymes of gossypol biosynthesis pathway have been characterized,including 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase(HMGR)and farnesyl diphosphate synthase(FPS)that catalyze the formation of the precursor farnesyl diphosphate(FPP),(+)-δ-cadinene synthase(CDN)which is the first enzyme committed to gossypol biosynthesis,and the downstream enzymes of CYP706B1 and methyltransferase.Expressions of these genes are tightly regulated during cotton plants development and induced by jasmonate and fungi elicitors.The transcription factor Ga WRKY1 has been shown to be involved in gossypol pathway regulation.Recent development of new genomic platforms and methods and releases of diploid and tetraploid cotton genome sequences will greatly facilitate the elucidation of gossypol biosynthetic pathway and its regulation.Xiu Tian Juxin Ruan Jinquan Huang Xin Fang Yingbo Mao Lingjian Wang Xiaoya Chen Changqing Yang 2016Science China(Life Sciences)2016,59,2:10
2棉酚合成及棉花腺体形成相关基因的研究进展显示文摘棉酚是限制棉籽开发利用的重要因子。培育低酚棉,特别是采用基因工程方法创制低酚棉是解决棉籽开发利用难题的关键。棉酚合成以及棉酚储存场所棉花腺体形成相关基因的研究,是基因工程创制低酚棉的基础。综述了国内外对于棉酚合成途径、棉花腺体形成相关基因的研究进展以及利用基因工程手段创制低酚棉的相关实例,以期为相关研究者提供参考。钱玉源 刘祎 张海娜 崔淑芳 金卫平 王广恩 李俊兰 2017棉花学报2017,29,3:6
3棉花非冗余性EST-SSR新标记的开发及其评价显示文摘利用ClustalX等软件对公共数据库现有的393753条棉花EST序列分析,得到349815条非冗余EST序列,借助自主开发的SSRmine软件共发掘SSR位点11372个,分布于10507条EST中,EST-SSR的频率是3%,平均相隔21kb出现一个SSR。在2~6bp的重复基元中,三核苷酸和六核苷酸分别占34.1%、40.6%,二、三、四、五和六核苷酸基序分别以AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT和AAAAAG/CTTTTT的类型最多。利用去冗余的且在亚洲棉、陆地棉、海岛棉中没有被开发过的410条EST序列设计开发了200对非冗余性SSR引物,利用自主开发的SSRD软件通过SSR引物序列下载、预处理、Blastn、提取相似性分值≥81%的引物编号、提取引物冗余对、冗余引物写成一行6个步骤去除来源于自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种相似性SSR引物,得到了非相似性引物,定名为CRIXXX(CRI即Cotton Research Institute)。并分别选用棉花12个种的代表性材料对其中100对进行引物功效评价,包括多态信息含量(polymorphism information content,PIC)及引物通用性研究。结果显示,从自主开发的100对SSR引物筛选出56对均能在12份材料间扩增出稳定明显的条带,其中多态性引物35对,多态率占35%。引物的PIC变幅为0.097~0.888,平均为0.482;1对海岛棉EST-SSR引物在12份材料间的通用性为100%,25对亚洲棉引物通用性为81%,74对陆地棉引物通用性为80.1%。王为 王长彪 刘方 陈浩东 王琳 王春英 张香娣 王玉红 王坤波 2012作物学报2012,38,8:6
4基于10个棉花腺体相关材料转录组的EST-SSR标记开发显示文摘棉花是重要的经济作物,但有毒棉酚的存在,使棉子得不到充分的利用,所以低酚棉育种是棉花育种的重要内容之一。色素腺体是棉酚的储存器官,开发功能型分子标记,加密棉花遗传图谱对色素腺体和其他重要性状相关基因的研究具有重要作用。本试验以10个有腺体和无腺体材料转录组信息为基础开发EST-SSR标记,在12895条1 kb以上的Unigene中共搜索到1546个SSR位点,发生频率和平均距离分别是11.99%和15.99 kb。得到的EST-SSR中,二碱基和三碱基重复是主要的重复类型,分别占30.85%和48.97%,AT/TA和GAA/CTT分别是二碱基和三碱基的优势重复类型。对长度≥20 bp的SSR共设计合成了56对引物,在这10个材料中进行检测,能扩增出清晰条带的有38对,占67.86%,其中呈多态性的有9对,占23.68%,并对其所在的Unigene功能和表达量进行了初步分析。本研究进一步证明了棉花EST-SSR标记开发的可行性,并且为棉花高密度遗传图谱和腺体相关基因的研究奠定了基础。程海亮 陆才瑞 邹长松 余道乾 姜鹏飞 杨文翠 张友平 王巧连 宋国立 2015棉花学报2015,27,1:5
5Mining,characterization,and exploitation of EST-derived microsatellites in Gossypium barbadense显示文摘Simple sequence repeats(SSRs) have been widely applied as molecular markers in genetic studies.However,the number of expressed sequence tags(ESTs) and SSR markers from Gossypium barbadense is fewer than those from other cotton species.In this study,EST-SSR distribution from G.barbadense was characterized and new G.barbadense-derived EST-SSR markers were determined on the basis of the ESTs obtained by randomly sequencing 2 cDNA libraries associated with fiber development in G.barbadense.By mining 9697 non-redundant ESTs,a total of 638 SSR loci derived from 595 ESTs were observed.In G.barbadense,the frequency of ESTs containing SSRs was 6.13%,with an average of 1 SSR in every 10.4 kb of EST sequence.Furthermore,trinucleotide was found to be the most abundant repeat type among 2-6-nucleotide repeat types.It accounted for 26.6% of the total,followed by the hexanucleotide(26.0%) and pentanucleotide repeats(25.9%).Among all the repeat motifs,(AAG)n accounted for the highest proportion.EST-SSR primer pairs were developed using the Primer3 program,and the redundant primers were removed using the virtual PCR approach.As a result,380 non-redundant EST-SSR primer pairs were developed and used to detect polymorphisms between the mapping parents G.hirsutum 'TM-1' and G.barbadense 'Hai7124' for constructing linkage groups in cultivated allotetraploid cotton.Out of these,98(25.8%) primer pairs detected polymorphisms.Finally,95 polymorphic loci from 82 primer pairs were integrated into the backbone genetic map;of these,42 were mapped into the A subgenome and 53 into the D subgenome.The present work provided the foundation for constructing saturated genetic maps and conducting comparative genomic studies on different cotton species.LU YuanDa CAI CaiPing WANG Lei LIN ShaoYan ZHAO Liang TIAN LiangLiang LU JunHong ZHANG TianZhen GUO WangZhen 2010Chinese Science Bulletin2010,55,18:5
6棉花无腺体近等基因系差异表达基因分析显示文摘为了揭示棉花腺体发育的分子机制,本研究利用RNA-Seq对棉花无腺体性状近等基因系Z12/Z12YW的幼嫩叶片进行转录组测序,寻找差异表达基因。转录组测序结果表明,与有腺体棉Z12相比,无腺体棉Z12YW中共有306个基因表达发生变化,其中282个基因下调,24个基因上调。差异表达基因GO(Gene ontology)功能注释显示,细胞组分、胞外基质组分的功能变化以及细胞杀伤生物学过程在腺体形成过程中发挥重要作用;COG(Cluster of orthologous groups)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路显著性富集发现,棉酚等萜烯物质的合成主要受甲羟戊酸途径上游基因的表达调控。此外,本研究共筛选到13个差异表达转录因子,可能在腺体发育和棉酚合成过程中发挥关键作用。姜鹏飞 陆才瑞 邹长松 程海亮 杨文翠 冯晓旭 张友平 王巧连 宋国立 2015棉花学报2015,27,6:4
7棉花叶片突变体的研究进展显示文摘为了解并且应用目前的棉花叶片突变体种质资源,本研究综述了6种类型的突变体的起源、遗传研究、基因定位、对农艺与经济性状的影响,以及突变性状可能带来的抗虫性。这6种叶片突变体包括:(1)叶形突变体:鸡脚叶、杯状叶、皱缩叶、波状叶与圆叶;(2)叶色突变体:花叶、红叶、亚红叶与芽黄;(3)自然落叶突变体;(4)叶片蜜腺突变体:无蜜腺;(5)叶片腺体突变体:无腺体;(6)叶片茸毛突变体:毛叶与光叶。得出这些叶片突变性状都是由质量性状控制的,对开展基因组研究是很好的材料,同时可以用作指示性状,另外鸡脚叶、叶片无蜜腺、毛叶和光叶都有形态抗虫性。由于突变性状具有两面性,因此建议育种中如果利用这些性状,要平衡好突变性状的优缺点。狄佳春 赵亮 陈旭升 2016中国农学通报2016,32,36:4
8棉花腺体性状基因的遗传与克隆研究进展显示文摘棉酚腺体是棉属植物特有的性状,发掘和利用控制腺体和棉酚合成的基因,对深入阐明棉酚的生物合成机理以及通过基因工程手段培育新型棉花品种具有重要的理论和现实意义。综述了近年来棉花棉酚腺体性状基因的遗传与克隆研究的最新进展,并对该研究中存在的问题进行分析和展望。董承光 王娟 肖光顺 李保成 2010中国农学通报2010,26,7:3
9海岛棉EST-SSRs分布特征及新标记的开发与利用显示文摘SSRs标记已成为目前应用最为广泛的一种分子标记.相较之其他棉种,海岛棉的ESTs及SSRs标记资源均相当匮乏.本研究利用本实验室2个纤维cDNA文库随机测序获得的海岛棉ESTs序列,进行海岛棉EST-SSRs分布特征分析及新SSRs标记开发与应用研究.通过对9697条非冗余ESTs序列分析,共发现SSRs位点638个,分布于595条ESTs中,EST-SSRs序列的频率是6.13%,平均相隔10.4kb出现一个SSR.在2~6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(26.6%),其次是六核苷酸重复(26.0%)和五核苷酸重复(25.9%).在所有重复基元类型中所占比例最大的是(AAG)n.利用Primer3及virtualPCR程序开发SSRs引物,并去除来源于海岛棉自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种冗余SSRs引物后,获得380对棉花新SSRs引物.进一步对本实验室四倍体作图亲本陆地棉TM-1和海岛棉海7124进行多态性检测,其多态率为25.8%.利用BC1作图群体,将来源于82对引物的95个多态位点定位在我室构建的海陆遗传图谱上,其中42个定位在At亚组,53个定位在Dt亚组.研究结果为进一步饱和棉花遗传图谱以及开展基于图谱的比较基因组研究奠定了基础.吕远大 蔡彩平 王磊 林绍艳 赵亮 田亮亮 吕俊宏 张天真 郭旺珍 2010科学通报2010,55,19:2
10棉花功能基因图位克隆的研究进展显示文摘图位克隆是鉴定特定表型变异遗传基础的经典有效策略。棉花功能基因图位克隆,对育种工作者创新利用种质资源、培育和定向设计新品种、提高育种效率有重要指导作用。近年来,随着雷蒙德氏棉、亚洲棉、陆地棉和海岛棉等基因组测序的完成和不断完善,基因的物理位置信息已知,省去了筛选基因组文库和构建候选区段物理图谱的过程,棉花功能基因图位克隆研究进入快速发展期。2016年,利用正向遗传学方法首次图位克隆了陆地棉显性无腺体Gl2e(GoPGF),目前已有20个质量性状基因和5个数量性状基因通过图位克隆策略鉴定。本文从基因符号、名称、染色体定位、候选基因等方面系统综述棉花纤维、腺体、蜜腺、叶型、株型、植株颜色、育性等性状相关图位克隆基因;并从图位克隆作图群体和集团分离分析法测序(bulked segregate analysis-sequencing,BSA-seq)应用等方面系统综述图位克隆策略。随着基因组测序技术的升级、测序成本的降低、BSA-seq等新方法的应用,图位克隆发展更加快速准确。利用转基因和基因组编辑技术对基因功能开展全面系统的鉴定评价,将为棉花分子设计育种提供理论基础和基因资源,加快棉花遗传改良进程。臧新山 王康文 张先亮 王雪平 王军 梁雨 裴小雨 任翔 吕宇龙 高宇 王星星 彭云玲 马雄风 2023中国农业科学2023,56,23:1
11一个棉花雄性不育突变体的遗传分析显示文摘12-20A是在新陆早33号优系中发现的一个雄性不育突变材料,为了明确其雄性不育性状的遗传规律,对该突变体进行了初步遗传分析。用12-20A做母本,分别与其它正常可育材料构建了8个F2群体和5个BC1群体。结果表明,8个群体的F1表现为完全可育,F2群体可育与不育性状表现为3:1的分离;BC1群体表现为完全可育,无不育性状的分离表现。初步分析表明:12-20A不育性状表现为由单基因控制的隐性细胞核不育。董承光 李生秀 周小凤 肖光顺 马晓梅 李保成 2012塔里木大学学报2012,24,3:0
12棉花重要性状基因定位研究进展显示文摘随着棉花基因组学研究的不断深入和遗传图谱的不断饱和,为一些控制棉花重要性状基因的定位提供了便利。将各类分子标记定位于相应的遗传连锁图或染色体上,为研究棉花诸多性状基因的图位克隆、抗性机制的遗传揭示、分子标记辅助选择、有利基因的定向转移及基因聚合育种等奠定了坚实的基础。综述了近年来棉花重要质量性状基因和数量性状基因(QTLs)定位研究的最新进展,并对研究中存在的主要问题进行分析和展望。董承光 邓福军 陈红 王长彪 李保成 2008作物杂志2008,,3:0
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