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| 1 | 结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分型方法标准化操作程序的建立显示文摘目的建立结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的标准化方法,评价该方法的分型能力、应用价值。方法选取15个位点,采用核酸提取、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术,结合BioNumerics(Version5.0)软件,对中国54株结核分枝杆菌临床分离株进行分型。结果确定标准化的MLVA方法,包括细菌分离培养、核酸提取、PCR、琼脂糖凝胶电泳等实验步骤及标化参数的相关数据分析软件的使用。VNTR位点确定为ETRA、ETRB、ETRC、ETRD、ETRE、MIRU10、MIRU16、MIRU23、MIRU26、MIRU27、MIRU39、MIRU40、Mtub21、Mtub30和Mtub39。结论建立MLVA标准化技术方案,该方法操作简便,分型鉴定能力及实验室间结果可比性强,便于网络化,有利于结核病流行中追溯传染源,分析流行趋势。 | 吕冰 Christine Pourcel 刘敬华 董海燕 张媛媛 蒋毅 刘志广 赵秀芹 万康林 | 2008 | 中华流行病学杂志2008，29，9： | 27 |
| 2 | MLVA和Spoligotyping用于西藏地区216株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型研究显示文摘目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)两种分型方法在西藏地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集西藏地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)临床分离株,应用Spoligotyping及MLVA两种分型方法进行比较分析。结果共在西藏地区收集到216株结核分枝杆菌临床分离株,采用Spoligotyping分型方法,216株菌可分为3个基因群13种基因型,其中最大的1个基因群即北京家族(Beijing family)含有195株菌,占90.28%。北京家族菌株中,有BCG接种史者占45.64%(89/195),无BCG接种史者占54.36%(106/ 1195),两者间的差异无统计学意义(x^2=0.059,P>0.05)。采用MLVA分型方法,216株菌可分成19个基因群108种基因型,其中80种基因型只有1株菌,占37.03%(80/216),另有136株菌表现出28种基因型,成簇数为28,占62.96%(136/216)。在20个VNTR位点的等位基因多态性发现Miru31位点的多态性最高,多态性指数(h)达到0.77,而Mtub29、Mtub12位点的多态性较差,都低于0.05。其中Mtub02位点可鉴别北京家族和非北京家族,它鉴别的北京家族与Spoligotyping鉴别的北京家族符合率达到100%。结论西藏地区结核分枝杆菌具有明显的接引多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与BCG接种无相关性。应用Spoligotyping和MLVA两种分型方法进行结核病流行病学研究,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。 | 石荔 杨敏 Christine Pourcel 董海燕 尼玛彭多 张嫒媛 朗珍 吕冰 蒋毅 魏淑贞 范昕建 万康林 | 2007 | 中华微生物学和免疫学杂志2007，27，8： | 19 |
| 3 | 220株结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型研究显示文摘目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。 | 曹晓慧 刘志广 赵秀芹 吕冰 张媛媛 万康林 | 2008 | 中国人兽共患病学报2008，24，5： | 15 |
| 4 | 13个VNTR位点用于113株结核分支杆菌的基因分型研究显示文摘目的应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对北京地区113株肺结核临床分离菌株进行分型研究,探讨北京地区菌株DNA多态性和基因型特征。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分支杆菌13个VNTR位点进行检测,并应用Gel-Pro analyzer 3.1软件和BioNumerics 3.0软件进行结果分析。结果113株结核分支杆菌可分为4个基因型(分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ和Ⅴ型),其中Ⅰ型占92.0%(104/113),其他3型所占比例很小,分别为Ⅱ型占4.4%(5/113),Ⅳ和Ⅴ型均为1.8%(2/113),而标准菌株H37Rv在分型中为独立的一个基因型,即Ⅲ型。结论北京地区的结核分支杆菌存在基因多态性,其主要流行型为Ⅰ型。 | 曹晓慧 蒋毅 张媛媛 刘志广 赵秀芹 金秀琴 韩宝龙 徐瑞兴 刘敬华 吕晶 薛小洛 万康林 | 2006 | 中华流行病学杂志2006，27，8： | 9 |
| 5 | 数目可变串联重复序列用于江苏省168株结核分枝杆菌菌株的基因分型研究显示文摘目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ~Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。 | 许卫国 虞浩 杨丹丹 吕华坤 周扬 | 2007 | 南京医科大学学报(自然科学版)2007，27，12： | 8 |
| 6 | DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究显示文摘目的 采用数目可变串联重复序列 (VNTR)分型方法对安徽省的 5 2株结核分枝杆菌进行分子分型研究 ,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用。方法 设计引物 ,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌 13个VNTR位点进行检测 ,并通过BioNumerics 3 0软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果 5 2株结核分枝杆菌可分 4个类别 ,其中 88. 5 %菌株属于一个型 ,其他 3个型所占比例很小 ,分别为 5 . 8%、3 .8%和 1 .9%。结论 来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型 ,VNTR分型技术简便、快速 ,是较好的结核分枝杆菌分型方法。 | 阚晓宏 万康林 金玉莲 刘敬华 杨建安 刘志广 丁虹 赵秀琴 王庆 唐婧 | 2005 | 中国防痨杂志2005，27，2： | 8 |
| 7 | 利用串联重复序列研究炭疽芽胞杆菌的基因分型显示文摘目的应用基因组中多位点串联重复序列遗传标记对不同地区88株炭疽芽胞杆菌进行基因分型。方法炭疽芽胞杆菌染色体DNA基因组中存在着串联重复序列。在串联重复序列两侧设计引物,PCR扩增,琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳,凝胶影像分析软件对PCR扩增产物碱基含量进行测算,并与测序结果进行比较,计算出串联重复拷贝数,对拷贝数进行聚类分析。结果(1)聚类分析发现,88株菌株可分为三大群,45个基因型,基因型与生态环境存在一定的关系。就某一地区炭疽暴发而言,其可变数目串联重复序列遗传标记具有相似性。(2)研究发现,A16R疫苗株作为中国的疫苗株具有代表性。结论炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列具有遗传稳定性和特异性,可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标,在炭疽暴发和生物恐怖事件中的病原体溯源上具有重要的意义。 | 田国忠 海荣 俞东征 魏建春 马凤琴 蔡虹 张建华 郑玉红 付秀萍 张志凯 张恩民 徐冬蕾 | 2006 | 中华流行病学杂志2006，27，8： | 5 |
| 8 | 湖南省231株结核分枝杆菌Spoligotyping和MLVA基因分型方法及其结果分析显示文摘随着1998年结核分枝杆菌(Mycobacteriu tuberculosis)H37Rv全基因测序工作完成[1],以及分子生物学技术的发展,人类已采用基因分型技术在分子水平上了解结核分枝杆菌的传播规律和近期传染率等. | 谭云洪 赵秀芹 刘志广 吕冰 谭笑 易松林 万康林 | 2010 | 中华预防医学杂志2010，44，10： | 3 |
| 9 | 江苏省结核分枝杆菌14个VNTRs位点的基因分型研究显示文摘目的了解江苏省结核分枝杆菌的VNTRs基因分型,发现江苏省流行的结核分枝杆菌的优势菌株,及不同地区流行菌株的基因型别差异。方法选择结核分枝杆菌基因组中14个具有明显多态性特征的VNTRs位点,对江苏省13个市的235株结核分枝杆菌进行VNTR-PCR扩增,通过聚类分析对菌株进行VNTRs基因分型。结果235株结核分枝杆菌菌株共分为8个基因型(Ⅰ~Ⅷ),其中以Ⅱ型为主要的基因型,占49.4%,其次是Ⅰ和Ⅴ型,分别占总数的22.6%和18.7%。不同地区结核分支杆菌VNTRs基因型别分布有统计学意义(P<0.001),其中V型主要分布在苏北(占90.9%),而Ⅰ型在苏南的分布明显高于苏北。结论江苏省的结核分枝杆菌具有明显的VNTRs多态性,Ⅱ型为江苏全省流行的优势菌株,约占全部菌株的1/2,但不同地区流行菌株的基因型别存在明显差异。 | 陆伟 万康林 杨丹丹 章体慧 周扬 虞浩 许卫国 汪华 | 2007 | 疾病控制杂志2007，11，5： | 3 |
| 10 | 广东地区羊种3型布鲁氏菌基因多态性研究显示文摘目的:应用多位点可变数目串联重复序列分型( multiple locus variable number tandem repeat analysis , MLVA)技术,初步探讨广东地区羊种3型布鲁氏菌的基因多态性特征分布。方法采用MLVA-16分型技术对广东地区患者分离的羊种3型布鲁氏菌株进行PCR 扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳等技术,并应用Bio Numerics(Version 5.0)软件进行布鲁氏菌基因多态性研究。结果43株布鲁氏菌菌株间的MLVA分型相似值介于68.2%~100%,在100%的水平上分成32种基因型别,其中27株(62.8%)为单一基因型,另外16株(37.2%)分属于其他5种基因型,各基因型分别含2~5株菌。结论广东地区羊种3型布鲁氏菌MLVA基因型呈现多态性分布特征,没有出现优势基因型别,单一特有基因型占了62.8%。 | 陈经雕 陈建辉 柯昌文 柯碧霞 刘美真 谭海玲 李柏生 杨杏芬 | 2013 | 中华微生物学和免疫学杂志2013，33，10： | 2 |
| 11 | 2种基因分型法在牛结核病流行病学调查中的应用显示文摘为了探讨间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和数目可变串联重复序列结核分枝杆菌散在分布重复单元(VNTR-MIRU)基因分型法用于国内牛分枝杆菌的基因分型,初步了解盐城地区牛分枝杆菌基因型种类、分布以及2种方法在当地应用的可行性。收集盐城和其他地区分离的31株牛分枝杆菌分离株,分别采用Spoligotyping和VNTR-MIRU对这些分离株进行基因分型,比较2种方法的分型效果,评价其在牛分枝杆菌基因分型中的应用。结果:使用Spoligotyping方法,31株牛分枝杆菌呈现出3种基因型;使用VNTR-MIRU方法,31株分离株呈现6种基因型;当2种方法联合使用时,可以分为7种基因型,其中的1个菌株具有独特的基因型,而2株盐城地区分离株显示其与其他地区的牛分枝杆菌同样存在主要的流行型为BCG家族,未发现其基因独特性。将Spoligotyping和VNTR-MIRU联合使用,可有效提高牛结核病的分子流行病学调查和病原学的监测效果。 | 高峰 于伯华 杨瑞章 王太全 徐帮兴 | 2013 | 畜牧与兽医2013，45，5： | 1 |
| 12 | 牛分枝杆菌Spoligotyping和VNTR-MIRU的基因分型研究显示文摘为了探讨间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在分布重复单元(VNTR-MIRU)基因分型法用于国内牛分枝杆菌的基因分型研究,初步了解我国牛分枝杆菌基因型种类、分布以及2种方法在我国应用的可行性。本研究收集东北、西北、华北、华南4个地区分离的10株牛分枝杆菌分离株,分别采用Spoligotyping和VNTR-MIRU对这些分离株进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价其在牛分枝杆菌基因分型中的应用。结果表明,使用Spoligotyping方法,10株牛分枝杆菌呈现出4种基因型,使用VNTR-MIRU方法,10株分离株也呈现4种基因型;当两种方法联合使用时,可以分为5种基因型,其中的2个菌株具有独特的基因型,显示来自不同地区的牛分枝杆菌存在主要的流行型为BCG家族。将Spoligotyping和VNTR-MIRU联合使用,可有效提高牛结核病的分子流行病学调查和病原学的监测效果。 | 杜艳芬 林靖凯 刘思国 王春来 刘慧芳 司微 王聃 赵海玲 | 2009 | 中国预防兽医学报2009，31，2： | 1 |
| 13 | 炭疽芽胞杆菌基因组中串联重复序列拷贝数的分析显示文摘目的研究炭疽芽胞杆菌基因组中多位点串联重复序列遗传标记的遗传变异规律。方法根据文献上发表的串联重复序列位点,利用已发表的13对引物,对88株炭疽芽胞杆菌基因组DNA进行PCR扩增,扩增产物进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳,利用凝胶影像分析软件对PCR产物DNA片段的碱基含量进行测算,计算出串联重复拷贝数。对部分PCR扩增产物DNA片段进行测序,利用DNAStar软件进行序列比对,分析不同菌株间的串联重复序列遗传变异规律。结果(1)炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列位置,同一菌株具有相对稳定的串联重复拷贝数。(2)88株炭疽芽胞杆菌DNA上的13个串联重复序列遗传标记中,有的串联重复序列拷贝数变异较小,有的却存在着复杂的多态性;(3)有些串联重复序列单位内的核苷酸数目不变,但核苷酸的排列组合有差异,不过其重复单位内都包含着一个相同的稳定不变的核心核苷酸序列。结论炭疽芽胞杆菌基因组DNA中串联重复序列可以精确定位,测定结果可以数值化,并且串联重复序列在菌株DNA中具有相对的稳定性,因此,串联重复序列是研究炭疽芽胞杆菌遗传特征的较好指标,具有鉴别炭疽芽胞杆菌菌株间差别的能力。 | 田国忠 俞东征 海荣 魏建春 马凤琴 蔡虹 张建华 郑玉红 付秀萍 张志凯 张恩民 徐冬蕾 | 2006 | 中华微生物学和免疫学杂志2006，26，9： | 0 |
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